Gene Ontology中最基本的概念是term。GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast growth factor receptor binding",或者"signal transduction"。每个term都属于一个ontology,总共有三个ontology,它们分别是molecular function,cellular component和biological process。
Gene Ontology中最基本的概念是 term 。 GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如 GO: nnnnnnn,还有一个term名,比如 "cell", "fibroblast growth factor receptor binding",或者 "signal transduction"。 每个term都属于一个ontology,总共有三个ontology,它们分别是molecular function, cellular component和bi...
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Gene Ontology, 中文名叫做基因本体论,采用GO terms描述基因产物的功能, 并且提供了不同GO terms 之间的关系。官网如下 http://geneontology.org/ GO定义的基因功能分成以下3大类别: molecular function cellular component biological process 所有GO term构成了一个有向无环图,示意图如下 每个GO是图中的一个节点,...
基因本体论(Gene_Ontology)基本介绍 内部资料仅供参考 基因本体论 (Gene Ontology)数据库基本介绍Version No.2010.10.03 西安电子科技大学计算机学院 作者：孔垂亮 电邮：morrain1987@foxmail.com 导师：高琳
各位医学方的朋友,大家好。今天我们聊一聊富集分析,说到富集分析,你会想到KEGG或者GO富集分析,GO实际上是GeneOntology两个单词的首字母简写,主要包括BP,MF,CC三个部分,分别代表的是生物学过程,分子功能和细胞定位。富集分析结果展示的时候,我们一般会画气泡图或者条形图,如下: ...
接下来进行可视化绘图,在此之前先讨论一个概念,什么是enrich factor富集因子。 富集因子=(某个term中出现的差异基因的个数/所有的差异基因的个数) / (term中包含的所有基因 / 数据库中总的基因数目) 回归我们前文提到的超几何分布,你就会发现,数据库中总的基因数目即为总数N,term中包含的所有基因即为r,所有的...
Description: Gene Ontology功能的描述信息。GeneRatio: 差异基因中与该ID相关的基因数与整个该Term总基因数的比值BgRation: 所有(bg)基因中与该ID相关的基因数与所有(bg)基因的比值Pvalue: 富集分析统计学显著水平,一般情况下,P-value <0.05改功能为富集项p.adjust 矫正后的p-value。Qvalue: 对p值进行统计学...
经过筛选发现,有多个复合体是和凋亡有关。点击具体的Term就可以看到详细结果。比如:ASAP complex。在具体界面,可以看到关于这个条目的具体描述 另外也可以和这个条目有关的基因。结果和👆的结果显示一样。同样可以进行筛选 总的来说 以上就是关于GO ONTOLOGY数据库的主要介绍。通过对GO ONTOLOGY的介绍,首先可以了解关...
基因本体论GeneOntology概览DesignedbyMorrain报告,孔垂亮导师,高琳日期,100927为什么要建立GeneOntology帶解决生物学定义混乱的现象,使各种数据库中基因产物功能描述相一致稼