0057-【生物数据库】-如何进行RNA差异基因的GeneName对应转为Gene ID,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
我们尝试从gene name转为gene ID 首先读入gene name文件 library(clusterProfiler)Tibetan_selected=read.table('genename.txt',header=FALSE,sep="\n")genename=vector(mode="character",length=0)for(iin1:dim(Tibetan_selected)[1]){genename[i]=as.character(Tibetan_selected[i,1])} ![genename_geneID....
1 在实际应用中，我们可能需要按基因在染色体上的分布位置进行排列，或者按基因名称规律进行排列，如何在基因排列顺序打乱后Gene ID和Gene Name依然一一对应。下面是实例操作，左侧是已知的Gene ID和Gene Name，右侧我们按Gene Name进行排序，使用Excel中的VLOOKUP函数找到其对应的Gene ID。一定要清空前后字符串。2 我们...
Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) Gene_name(Gene Symbol) NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) Gene_Synonym 为大家简单介绍一下这四种ID: 1 Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) 即Ensembl数据库中对基因的命名。以智人ENSG00000275442为例,ENS为开头的固定字符,默认为Homo sapiens (Human),小鼠Mus musculus (Mo...
如果是拟南芥、牛、山羊、秀丽线虫、果蝇、斑马鱼、鸡、人、猕猴、小鼠、籼稻、水稻、大鼠、酵母、番茄、猪、小麦、玉米这18种常见物种的Gene stable ID/Gene name/NCBI gene ID/Gene_Synonym这四种ID类型,可以直接使用OmicShare Tools的基因ID转换工具进行转换。
进入david数据库:Functional Annotation Tools,点击菜单栏Shortcut to DAVID Tools→点击Gene ID Conversion,将所有基因复制左边的白框中,图1红圈里是白框位置,图2是输入格式。 图1 图2 第二步:For species框中输入Homo sapiens→点击submit to Conversion Tool。等待一会(时间稍长)。
GeneID: NCBI数据库中分配给每个基因的唯一标识符，例如123456。Symbol: 基因的官方符号，例如BRCA1。Loc...
不多介绍,参考视频和GEO多数据集分析的那个视频, 视频播放量 9095、弹幕量 2、点赞数 90、投硬币枚数 42、收藏人数 215、转发人数 28, 视频作者 Jingle进哥, 作者简介 王进个人网站 www.jingege.wang,相关视频:【gene ID】gene ID转换的在线工具,geneID转换为gene symbo
点击submit之后，在右边栏当中选择想要转换的ID号，然后点击submit即可。g:Convert 之前我们在介绍富集分析软件的时候，提到过一个多ID的富集分析软件g:GOST。具体的数据库介绍，可以查看推送的第二条。在这个数据库里面有一个g:Convert的工具，这个工具可以让我们进行ID的转换。在这个数据库进行ID转换的话，我们不需要...
“gene”,c(“gene_id”,”gene_name”)]#根据“gene_id”匹配转换genes_exp与anno,自己修改by.y参数result<-merge(anno,genes_exp,by.x=“gene_id”,by.y=“geneid”)#去重与检查空值与NAresult<-result[!duplicated(result$gene_name),]table(result$gene_name==“”)table(is.na(result$gene_name...