今天在做ssGESA分析的时候发现,TCGA下载的基因ID为Ensembl ID,下载的基因集为Gene name,在做分析之前要做一下基因ID转化,代码如下: 安装需要的R包 install.packages(“tidyverse”)导入需要的R包 library(tidyv…
最终将Ensembl ID转化为gene name,有需要的可以借鉴学习,在这里需要注意的是多个Ensembl ID对应一个Gene name。 小果今天的分享就到这里。 生信人R语言学习必备 立刻拥有一个Rstudio账号 开启升级模式吧 (56线程,256G内存,个人存储1T) “生信果”,生信入门、R语言、生信图解读与绘制、软件操作、代码复现、生信硬核...
接着需要提取gtf文件中ensembl_id(gene_id)和gene symbol(gene_name)的对应关系 此步在linux或者R中操作都可以,个人比较喜欢用linux命令,因此示范一下在linux中的操作,最后会得到g2s_vm25_gencode.txt文件 gunzip gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz vim gtf_geneid2symbol_gencode.sh ##...
接着需要提取gtf文件中ensembl_id(gene_id)和gene symbol(gene_name)的对应关系,此步在linux或者R中操作都可以,我个人比较喜欢用linux命令,因此示范一下在linux中的操作,最后会得到g2s_vm25_gencode.txt文件 gunzip gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz vim gtf_geneid2symbol_gencode.sh #...
PATH2NAME <- hsa_kegg$KEGGPATHID2NAME PATH_ID_NAME <- merge(PATH2ID, PATH2NAME, by="from") colnames(PATH_ID_NAME) <- c("KEGGID", "ENTREZID", "DESCRPTION") # write.table(PATH_ID_NAME, "HSA_KEGG.txt", sep="\t") library(biomaRt) mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl"...
name_ID = bitr(genename, fromType="SYMBOL", toType="ENSEMBL", OrgDb="org.Hs.eg.db") genename_geneID.png ps:匹配的成功率并不是100%,对于没有匹配上的基因可能就需要手动搜索了。 保存数据 #save the data write.csv(name_ID,'root/name_ID.csv') ...
,下载转换完的结果使用KOBAS进行KEGG注释分析1.输入类型选择:EnsemblGeneID2.物种选择:Mus musculus(mouse) 3. 粘贴EnsemblGeneID...。 GEO数据库筛选差异基因首先,打开NCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),如下图所示选择GEO Datasets,输入GDS5656,点击Search。 点击搜索到的 ...
colnames(PATH_ID_NAME) <- c("KEGGID", "ENTREZID", "DESCRPTION") # write.table(PATH_ID_NAME, "HSA_KEGG.txt", sep="\t") library(biomaRt) mart <- useDataset("hsapiens_gene_ensembl", useMart("ensembl")) entrezgene <- PATH_ID_NAME$ENTREZID ...
name:glycopeptidealpha-N-acetylgalactosaminidase activity. namespace: molecular_function. definition: “Catalysis of the reaction:D-galactosyl-3-(N-acetyl-alpha-D-galactosaminyl)-l-serine+H2O=D-galactosyl-3-N-acetyl-alpha-D-galactosamine+l-serine.” [EC:3.2.1.97]. ...
If you like to visualize all projections of a gene then: Provide gene name instead of transcript ID Also provide isoforms file using --isoforms_file parameter. For example: /supply/plot_mutations.py${REFERENCE_BED_FILE}${PROJECT_DIR}/inact_mut_data.hdf5 ENSG0000011111 test.svg -i${ISOFORMS...