接着需要提取gtf文件中ensembl_id(gene_id)和gene symbol(gene_name)的对应关系 此步在linux或者R中操作都可以,个人比较喜欢用linux命令,因此示范一下在linux中的操作,最后会得到g2s_vm25_gencode.txt文件 gunzip gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz vim gtf_geneid2symbol_gencode.sh ##...
接着需要提取gtf文件中ensembl_id(gene_id)和gene symbol(gene_name)的对应关系,此步在linux或者R中操作都可以,我个人比较喜欢用linux命令,因此示范一下在linux中的操作,最后会得到g2s_vm25_gencode.txt文件 gunzip gencode.vM25.chr_patch_hapl_scaff.annotation.gtf.gz vim gtf_geneid2symbol_gencode.sh #...
最终将Ensembl ID转化为gene name,有需要的可以借鉴学习,在这里需要注意的是多个Ensembl ID对应一个Gene name,小果今天的分享就到这里。
#二者ID进行匹配,并添加一列gsymexpr$gsym<-geneann[rownames(expr),]$gene#去除重复的Gene nameexpr<-distinct(expr,gsym,.keep_all=T)#将行名改为Gene namerow.names(expr)<-expr$gsym#将添加的gsym这一列删除expr<-slect(expr,-gsym)#将修改的结果文件保存write.table(expr,"TCGA-KIRC-expr.txt",col...
0057-【生物数据库】-如何进行RNA差异基因的GeneName对应转为Gene ID,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
name_ID = bitr(genename, fromType="SYMBOL", toType="ENSEMBL", OrgDb="org.Hs.eg.db") genename_geneID.png ps:匹配的成功率并不是100%,对于没有匹配上的基因可能就需要手动搜索了。 保存数据 #save the data write.csv(name_ID,'root/name_ID.csv') ...
测试ID > test_id <- c("ENSG00000000971", "ENSG00000001084", "ENSG00000001460", "ENSG00000001461", "ENSG00000001626", "ENSG00000001630") # 采用bitr 命令进行ID的转换 > gene_ids <- bitr(test_id, fromType="ENSEMBL", toType=c("SYMBOL", "GENENAME"), OrgDb="org.Hs.eg.db") 'select(...
gene name (e.g. tumor protein p53) gene synonyms (e.g. FLJ92943) Ensembl ID (e.g. ENSG0000141510) RefSeq Accession (e.g. NM_000546) Species can be input after the keyword, using format "keyword [species:$species]" where $species can be name of species (like human or rat) or tax...
TABLE 1 Gene Name ensembl_gene_id* 1 AC104699.1 ENSG00000224220 2 ACPP ENSG00000014257 3 ADTRP ENSG00000111863 4 AFMID ENSG00000183077 5 ALOX5 ENSG00000012779 6 ALS2 ENSG00000003393 7 ANKRD33B ENSG00000164236 8 ARHGAP25 ENSG00000163219 9 ARID3B ENSG00000179361 10 ARPC2 ENSG00000163466 11 ASS1P1...
Ensembl ID (e.g. ENSG0000141510) RefSeq Accession (e.g. NM_000546) Species can be input after the keyword, using format "keyword [species:$species]" where $species can be name of species (like human or rat) or taxon id (like 9606). Where to target the version number? Example ...