最新的 v10 版本基于 2022 年的 SCENIC+ motif 集合。 ● 不同版本之间的区别通常在于使用的数据库和算法更新,这些更新会影响 motif 到 TF 映射的精度和覆盖范围。 3. 物种特异性: ● 不同的物种有各自特异性的 motif 和转录因子,因此文件根据物种进行了分类。 ● 人类(hgnc)、小鼠(mgi)、果蝇(flybase) ...
这个分类包括了472个包含了表达产物参与特定的代谢和信号通路的基因,如8个==人工精选==的公开可用的数据库以及50个为了响应遗传和化学扰动而共同调控并被各种实验论文所报道的基因。 调控motif(C3,57个基因集) 这个分类是基于我们最近工作报道的57个在人类基因的启动子区常见的保守调控motif^[11]^,并使得能够将微...
● 每个文件内,可能有数千个 motif,每个 motif 都会对应于一个或多个转录因子。 2. 版本信息: ● v8, v9, v10 是 motif 集合的版本号,每个版本基于不同的研究和数据库更新。最新的 v10 版本基于 2022 年的 SCENIC+ motif 集合。 ● 不同版本之间的区别通常在于使用的数据库和算法更新,这些更新会影响 mo...
• Motif search • Deletion/insertion size • Deleted/inserted bases • Other Combined searches with selection of e.g. gene symbol or disease name at the “Other” option make your search more specific. Thereby you get more specified results which reduce the ...
(NGG) motif guide the Cas9 nuclease to a specific genomic sequence to form a complex, followed by local strand separation (R-loop), at which the Cas9 nuclease creates a double-stranded DNA break (DSB) 3 nucleotides upstream from the PAM site. As a result, you may bring new functionality...
1.2.4 MeSAP 家族蛋白保守结构分析和氨基酸序 列比对 为进一步分析 MeSAP 的蛋白结构,使用 MEME 对 SAP 家族蛋白进行 Motif 分析,并利用 TB-Tools 工具进行绘图.从 JGI 植物基因组数据库 下载木薯 SAP 蛋白序列.利用 DNAMAN7 软件对 木薯 SAP 蛋白家族序列进行多序列比对.利用 TB-tools ...
Peak分析: Peak注释和分布分析,Peak关联基因的GO、KEGG的注释和富集分析, 转录因子和Motif分析等。 多样本差异分析:差异 Peak 分布情况统计,差异 Peak 关联基因GO、KEGG 功能注释与富集,转录因子预测,Motif 预测等。 ·后续验证 01 ChIP-qPCR 分析组蛋白修饰/转录因子与染色质区域的结合情况,揭示染色质状态和基因表...
1、拿到motif的矩阵信息: 这个软件需要输入motif的矩阵。对于前期做了ChIP/CUT&Tag/DAP-seq实验的老师,矩阵可以直接从Homer的分析结果中得到(图2A);对于motif信息来自于预测或数据库,矩阵也可以从数据库中进行下载(图2B)。 图2A 图2B 2、数据上传 (1)打开Fimo官网: ...
bed_path_sni <- "F:/XZHMU/huangyue/motif/RIP_SNI_peaks_summits.bed" bed_sni <- import(bed_path_sni, format = "bed") # 明确指定文件格式为bed # 2. 修正染色体名称(添加chr前缀) bed_ucsc_sni <- GRanges( seqnames = paste0("chr", seqnames(bed_sni)), ...
基因结构、motif分析 基因结构、motif分析 结合转录组进行家族内基因表达定量(可以结合不同处理或不同组织),表达定量的方法可以用转录组、表达谱、芯片、qRT-PCR,这里可以让之前的转录组数据重复利用,因此要做的话,纯湿实验也就是荧光定量 欢迎关注我们的公众号～_～ ...