grep 'gene_id' $gtf | awk -F 'gene_id \"' '{print $2}' |awk -F '\"' '{print $1}' >gene_id_tmp grep 'gene_id' $gtf | awk -F 'gene_name \"' '{print $2}' |awk -F '\"' '{print $1}' >gene_name_tmp paste gene_id_tmp gene_name_tmp >last_tmp uniq last_tm...
1 在实际应用中，我们可能需要按基因在染色体上的分布位置进行排列，或者按基因名称规律进行排列，如何在基因排列顺序打乱后Gene ID和Gene Name依然一一对应。下面是实例操作，左侧是已知的Gene ID和Gene Name，右侧我们按Gene Name进行排序，使用Excel中的VLOOKUP函数找到其对应的Gene ID。一定要清空前后字符串。2 我们...
(gene = genelist, organism = 'mmu', pvalueCutoff = 1, qvalueCutoff = 1) #将ENTREZID转化为可读的gene symbol(这个就是解决方案) eKEGG <- setReadable(ekegg, OrgDb = 'org.Mm.eg.db', keyType="ENTREZID") kegg <- data.frame(eKEGG) write.csv(kegg ,'result/6.control_shame_KEGG.csv...
假设是从“gene_id”转换到”gene_name”anno<-gff[gff$type==“gene”,c(“gene_id”,”gene_name”)]#根据“gene_id”匹配转换genes_exp与anno,自己修改by.y参数result<-merge(anno,genes_exp,by.x=“gene_id”,by.y=“geneid”)#去重与检查空值与NAresult<-result[!duplicated(result$gene_name),...
(geneid)gene_name=re.search(r' gene_name "([^;]+)";',line[8]).group(1)#print(gene_name)gene_dict[gene_id]=gene_nameforlinesinf2:lines=lines.strip()iflines.startswith('id'):print(lines,file=f3)continueline=lines.split('\t')gene_inf=line[0][:15]ifgene_infingene_dict:print...
点击submit之后，在右边栏当中选择想要转换的ID号，然后点击submit即可。g:Convert 之前我们在介绍富集分析软件的时候，提到过一个多ID的富集分析软件g:GOST。具体的数据库介绍，可以查看推送的第二条。在这个数据库里面有一个g:Convert的工具，这个工具可以让我们进行ID的转换。在这个数据库进行ID转换的话，我们不需要...
myGTF <- 'Your_download_GTF_name.gtf' newGTF <- import(myGTF) a<-cbind(newGTF$gene_id,newGTF$gene_name,newGTF$gene_type) colnames(a)<-c('geneid','genename','genetype') res$geneid<-rownames(res) res_S<-merge(a,res,by='geneid') ...
打开基因ID转换工具页面,如下图,点击选择文件按钮上传基因ID列表文件,是否有列名选择是,物种选择Homo sapiens,输入ID类型为Gene stable ID (即Ensembl gene ID),输出ID类型这里勾选Gene name (即Gene Symbol) 和 NCBI_gene_ID (即NCBI Entrez Gene ID),然后点击提交按钮。
Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) Gene_name(Gene Symbol) NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) Gene_Synonym 为大家简单介绍一下这四种ID: 1 Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) 即Ensembl数据库中对基因的命名。以智人ENSG00000275442为例,ENS为开头的固定字符,默认为Homo sapiens (Human),小鼠Mus musculus (Mo...
我们尝试从gene name转为gene ID 首先读入gene name文件 library(clusterProfiler)Tibetan_selected=read.table('genename.txt',header=FALSE,sep="\n")genename=vector(mode="character",length=0)for(iin1:dim(Tibetan_selected)[1]){genename[i]=as.character(Tibetan_selected[i,1])} ...