我们尝试从gene name转为gene ID 首先读入gene name文件 library(clusterProfiler)Tibetan_selected=read.table('genename.txt',header=FALSE,sep="\n")genename=vector(mode="character",length=0)for(iin1:dim(Tibetan_selected)[1]){genename[i]=as.character(Tibetan_selected[i,1])} ![genename_geneID....
1 在实际应用中，我们可能需要按基因在染色体上的分布位置进行排列，或者按基因名称规律进行排列，如何在基因排列顺序打乱后Gene ID和Gene Name依然一一对应。下面是实例操作，左侧是已知的Gene ID和Gene Name，右侧我们按Gene Name进行排序，使用Excel中的VLOOKUP函数找到其对应的Gene ID。一定要清空前后字符串。2 我们...
toType为输出ID的类别,这里选择"SYMBOL"(如:Hoxc13),"ENSEMBL"(如:ENSMUST00000001700),"ENTREZID"(如:15422)。 fromType和toType都可以选择其他Type,如 ACCNUM, ALIAS, ENSEMBL, ENSEMBLPROT, ENSEMBLTRANS, ENTREZID, ENZYME, EVIDENCE, EVIDENCEALL, GENENAME, GO, GOALL, IPI, MGI, ONTOLOGY, ONTOLOGYALL...
Retrieve/ID mapping工具可以实现UniProt数据库ID与其他数据库ID的互转,例如,这里仍使用上文的范例文件,将Gene ID转为UniProtKB/Swiss-Prot ID,如下图。 转换结果如下,结果中除了UniProtKB/Swiss-Prot ID还有Gene name和protein name,点击Download按钮,可下载相应的蛋白序列(fasta格式)和转换结果表格(Mapping Table)。
点击submit之后，在右边栏当中选择想要转换的ID号，然后点击submit即可。g:Convert 之前我们在介绍富集分析软件的时候，提到过一个多ID的富集分析软件g:GOST。具体的数据库介绍，可以查看推送的第二条。在这个数据库里面有一个g:Convert的工具，这个工具可以让我们进行ID的转换。在这个数据库进行ID转换的话，我们不需要...
在RNA-seq下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) 转换为gene symbol ( gene_name )的情况,而在转换时经常会出现多个ensembl_id对应与一个gene symbol的情形,此时就出现了重复的gene symbol。 重复的gene symbol当然是不能作为基因表达矩阵行名的,此时就需要我们去除重复的gene symbol...
colnames(a)<-c('geneid','genename','genetype') res$geneid<-rownames(res) res_S<-merge(a,res,by='geneid') index<-duplicated(res_S$geneid) res_symbol<-res_S[!index,] head(res_symbol) (↑可按住屏幕左右滑动) GTF那里你可以DIY,比如有专门的lncRNA的注释文件等等merge之后会用重复,下面...
Uniprot基因ID/名称转换方法 1、打开uniprot网站,https://www.uniprot.org; 2、点击“Retrieve/ID mapping”,跳转页面进入ID转换界面; 3、上传ID列表,选择转换类型,进行转换; 4、查看并下载转换后的数据。 BioDBnet基因ID/名称转换方法 1、打开网站https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php; ...
g:Convert是g:GOST软件中的一项工具，用于ID转换。无需指定输入ID类型，选择输出类型后，即可获得转换结果。默认结果包含基因符号，因此无需单独选择此选项。此工具支持多种ID形式，包括混合ID，可获得所有相关基因名。biomart是Ensembl数据库内的一个工具，用于ID转换，网址为m.ensembl.org/biomart/m......
Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) Gene_name(Gene Symbol) NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) Gene_Synonym 为大家简单介绍一下这四种ID: 1 Gene_stable_ID(Ensembl gene ID) 即Ensembl数据库中对基因的命名。以智人ENSG00000275442为例,ENS为开头的固定字符,默认为Homo sapiens (Human),小鼠Mus musculus (Mo...