我们尝试从gene name转为gene ID 首先读入gene name文件 library(clusterProfiler)Tibetan_selected=read.table('genename.txt',header=FALSE,sep="\n")genename=vector(mode="character",length=0)for(iin1:dim(Tibetan_selected)[1]){genename[i]=as.character(Tibetan_selected[i,1])} ![genename_geneID....
方法/步骤 1 在实际应用中，我们可能需要按基因在染色体上的分布位置进行排列，或者按基因名称规律进行排列，如何在基因排列顺序打乱后Gene ID和Gene Name依然一一对应。下面是实例操作，左侧是已知的Gene ID和Gene Name，右侧我们按Gene Name进行排序，使用Excel中的VLOOKUP函数找到其对应的Gene ID。一定要清空前后字符...
0057-【生物数据库】-如何进行RNA差异基因的GeneName对应转为Gene ID,程序员大本营,技术文章内容聚合第一站。
gene_dict={}f1=open('human.gtf')f2=open('mRNAmatrix.txt')f3=open('sym.txt','w')forlinesinf1:iflines.startswith('#'):continueline=lines.strip().split('\t')#print(line[2])ifline[2]=="gene":gene_id=re.search(r'gene_id "([^;]+)";',line[8]).group(1)#print(geneid)gene...
我们进入数据库之后第一步是选择我们要转换的物种。选择完物种之后的话，我们就需要制定输入和输出了。我们点击Filters就可以就可以选择我们输入什么类型的ID，这个数据库支持这么多类型的输入。其中第二个GENE里面可以输入多个数据库ID。这里我们可以选择我们输入的ID是什么，在每个数据库参考ID的后面，都有实例让我们来...
Retrieve/ID mapping工具可以实现UniProt数据库ID与其他数据库ID的互转,例如,这里仍使用上文的范例文件,将Gene ID转为UniProtKB/Swiss-Prot ID,如下图。 转换结果如下,结果中除了UniProtKB/Swiss-Prot ID还有Gene name和protein name,点击Download按钮,可下载相应的蛋白序列(fasta格式)和转换结果表格(Mapping Table)。
之前有介绍过Ensemble数据库进行ID转换(Ensemble数据库批量将转录本号转换基因名称),今天再给大家介绍4种gene ID相互转换的工具。 1、Uniprot (https://www.uniprot.org/) 点击Sumbit后,得到结果如下: 2、g:Profiler (http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost) ...
在这里我们穿插一个转录组分析中的小知识点:基因ID转换。本文将从常见基因ID类型介绍、同物种不同基因ID类型转换、物种间基因ID转换(人-小鼠)三个方面进行分享。 一.常见的3种基因标识 以AKT1在NCBI(ncbi.nlm.nih.gov/)的Gene数据库的显示为例。 Gene ID(又称Entrez ID):是美国国家生物技术信息中心(National ...
Gene_name(Gene Symbol) 即HOGN数据库为基因提供的官方命名,命名规则一般为全名的缩写,由大写字母、数字组合而成,如TNPO1P3(transportin 1 pseudogene 3),RHOV(Ras Homolog Family Member V)。 3 NCBI_gene_ID(NCBI Entrez Gene ID) 即NCBI旗下的Entrez gene数据库所使用的编号,每个编号具有唯一性,编号构成...