将转录组测序数据中的基因ID(例如ENSEMBL ID、RefSeq ID等)转换为基因符号(Gene Symbol)是生物信息学分析中常见的需求。以下是一些常用的方法和工具: 1.使用生物信息学工具包:可以使用一些生物信息学工具包进行转换,例如Bioconductor的R包。在R中,您可以使用org.Hs.eg.db(人类)、org.Mm.eg.db(小鼠)等注释包来...
在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) 转换为gene symbol(gene_name)的情况,而在转换时经常会出现多个ensembl_id对应与一个gene symbol的情形,此时就出现了重复的gene symbol。 重复的gene symbol当然是不能作为基因表达矩阵行名的,此时就需要我们去除重复的gene ...
② Ensemble Gene ID转换为Gene symbol # cc$`Ensembl Gene ID`为输入的基因 # fromType为当前基因命名方式 # toType为转换成哪种基因命名方式 # OrgDb为数据库,鼠为org.Mm.eg.db cc2 <- bitr(cc$`Ensembl Gene ID`,fromType = 'ENSEMBL',toType = 'SYMBOL',OrgDb = "org.Hs.eg.db") ③ Entrez...
# read gene symbolsymbol<- read.table(file = '~/Downloads/symbol.txt', sep = '\t', header = FALSE) symbol <- as.character(unique(symbol$V1)) 读取完成,将symbol转换为entrezid #将 symbol 对应到 entrezid entrezid <- select(org.Hs.eg.db, keys=symbol, columns = 'ENTREZID', keytype...
fromType为输入ID的类别,这里选择“ENSEMBLTRANS”,即EMBL数据库转录本命名系统; toType为输出ID的类别,这里选择"SYMBOL"(如:Hoxc13),"ENSEMBL"(如:ENSMUST00000001700),"ENTREZID"(如:15422)。 fromType和toType都可以选择其他Type,如 ACCNUM, ALIAS, ENSEMBL, ENSEMBLPROT, ENSEMBLTRANS, ENTREZID, ENZYME, EVI...
② 云工具【基因id转换】该小工具使用R包org.*.eg.db(Version:3.14.0),实现常见物种的基因id转换,输入待转换的基因id类型(Ensembl gene ID、NCBI Entrez gene ID或Gene Symbol),将输入的基因类型,转化为另外几种类型。可选物种包括人、小鼠、大鼠、牛、狗、鸡、蝇、拟南芥等。③ 云工具【同源基因转换...
BioDBnet基因ID/名称转换方法 1、打开网站https://biodbnet-abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php; 2、提交ID列表,选择转换类型,进行转换; 3、查看并下载转换后的数据。 其他基因ID/名称转换方法 除去以上两种在线转换基因ID的网站之外,还有以下在线转换网站: ...
比如现在新版RNA-seq的counts文档的Gene_ID全部变成了ensembl_ID,这个时候需要利用我们之前的方法做ID转...
如果是单个,少量的Ensembl Gene ID需要转换成gene symbol ID,那么直接在ensembl网站一个一个去检索就可以得到结果。然而现实却不是如此的,一个矩阵下来就是4万行,这个数量级的ID要检索,手工当然不现实,当然不服气的可以去试试。 乔帮主说过“编程可以让一个人变得睿智”,这个观点不知道是否正确,但处理生物信息时,...