GDCRNATools是一个易于使用的用于整合GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据的R/Bioconductor软件包。 背景介绍 TCGA数据库作为癌症研究的首选公共数据库,整合了各种癌症的多组学数据。基因组数据共享数据库(GDC)维护着来自美国国家癌症研究所(NCI)计划的标准化基因组,临床和样本数据,包括TCGA和TARGET,它也接受来自非NCI支持的癌...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 Foundation Me...
1.数据更新时间不同。 GDC Hub与TCGA hub中数据更新时间不同,并且目前两种数据都不是TCGA官方数据库中最新版本数据(最新版为2023.12.4的v39.0)。 ① GDC TCGA Colon Cancer (COAD) ② TCGA Colon Cancer (COAD) ① GDC hub version:2019.7.19。其方式等同于在 2019年7月19日使用 api方法从官网下载了数据。
对于少量的元数据和数据,用户可以直接从GDC数据门户下载数据。 对于大批量数据,用户可以使用GDC Data Transfer Tool(GDC数据传输工具)下载数据,该工具基于客户端,旨在实现高效的数据传输。 要使用数据传输工具一次下载多个文件,用户可以在GDC数据门户中创建和下载manifest(清单)。要下载受控的访问数据,用户可以从GDC数据门...
GDC相当于替代了TCGA Data Portal 这个网站,但它不只包含TCGA的数据,还有TARGET、CGCI及其他CCG计划的数据,并对数据重新进行了整合分析,可以提供统一的癌症基因组数据。 ▲网址:gdc.cancer.gov/ GDC(Genomic Data Commons)是美国National Cancer Institute(NCI)的研究计划,使命是为癌症研究界提供统一的数据存储库,以便...
gdc是genomicdatacommons的缩写是由美国国家癌症研究所nci建立的一套癌症数据共享系统整合包括tcga在内的多个癌症数据库中的信息提供了癌症数据的统一存储管理展示将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享网址如下 使用GDC 在线查看 TCGA 数据 GDC 是 Genomic Data Commons 的缩写,是由美国国家癌症研 究所 NCI 建立...
UCSC Xena数据库提供TCGA数据，包含GDC Hub（GDC TCGA COAD）与TCGA hub（TCGA COAD）两个来源。它们之间的主要区别在于数据更新时间和可下载数据种类。更新时间方面，GDC Hub的版本为2019年7月19日，与TCGA官方数据更新至2019年7月8日的v18.0版本相匹配。而TCGA hub的版本为2017年10月13日，对应TCGA...
THe Cancer Genome Atlas(TCGA) Therapeutically Applicable Research to Generate Effective Treatments (TARGET) Human Cancer Model Initiative (HCMI) 以上只是部分来源信息,而且还在陆续更新,以后也会有新的来源数据整合到GDC中。当然,到目前为止,该数据库中最大的数据依然是来自TCGA...
通过GDC（网址：gdc.cancer.gov/），研究者可以访问高质量的标准化生物样本、临床和分子数据，轻松搜索、下载并分析临床信息、基因组特征数据，进行肿瘤基因组数据的高级序列分析。GDC包含的数据类型丰富，涵盖了多种人类癌症基因组变化的全面描述。首页对TCGA所收录的数据进行了统计，截至2019年3月26日，V16...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc./ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 ...