第二步:利用GCTA-GREML估计SNP遗传力 gcta64 --grm test --pheno test.phen --reml --out test --thread-num 10 –pheno 表型文件 –reml 利用reml算法计算snp遗传力 计算结果储存在 test.hsq的文件中 当然我们以可以加入协变量,例如前10个主成分 PC1-10: gcta64 --grm test --pheno test.phen --rem...
评估SNP遗传力有两种方法LDSC和GREML, 本文介绍下GREML评估遗传力的方法。在GCTA软件中,其核心就是如下所示的线性混合模型 其中y表示表型,b表示固定效应协变量的系数,u表示随机效应自变量的系数, 这里的随机效应指的就是所有SNP位点对表型的效应,e表示随机误差。其中u和e服从如下所示的正态分布 表型方差可以用如下...
使用GCTA的GREML评估SNP遗传力 评估SNP遗传力有两种方法LDSC和GREML, 本文介绍下GREML评估遗传力的方法。在GCTA软件中,其核心就是如下所示的线性混合模型 其中y表示表型,b表示固定效应协变量的系数,u表示随机效应自变量的系数, 这里的随机效应指的就是所有SNP位点对表型的效应,e表示随机误差。其中u和e服从如下所示的...