第二步:利用GCTA-GREML估计SNP遗传力 gcta64 --grm test --pheno test.phen --reml --out test --thread-num 10 –pheno 表型文件 –reml 利用reml算法计算snp遗传力 计算结果储存在 test.hsq的文件中 当然我们以可以加入协变量,例如前10个主成分 PC1-10: gcta64 --grm test --pheno test.phen --rem...
使用GCTA的GREML评估SNP遗传力 评估SNP遗传力有两种方法LDSC和GREML, 本文介绍下GREML评估遗传力的方法。在GCTA软件中,其核心就是如下所示的线性混合模型 其中y表示表型,b表示固定效应协变量的系数,u表示随机效应自变量的系数, 这里的随机效应指的就是所有SNP位点对表型的效应,e表示随机误差。其中u和e服从如下所示的...
gcta64 --bfile your_genotype_data --autosome --make-grm --out your_output_prefix --thread-num 10 4.2使用GREML估计SNP遗传力 gcta64 --grm your_output_prefix --qcovar test.eigenvec --pheno your_phenotype_data --mpheno 1 --reml --out your_output_prefix --thread-num 10 遗传力的估计结...
12. GCTA分析多性状模型 13. GCTA-GREML如何估算固定效应BLUE值 --covar:是因子协变量 --qcovar:是数值协变量 14. 为何我用GCTA计算的遗传力为负 因为有标准误,数据量小时,标准误大。 可能本身遗传力就很低,考虑到标准误,会有可能负值。 15. 方差组分估算显示not positive definite 方差组分中V不正定,可以尝...
GREML: estimating the proportion of variance in a phenotype explained by all SNPs (i.e., the SNP-based heritability); Partitioning genetic variance into contributions from different sets of SNPs stratified by chromosome location, allele frequency, or functional annotation; ...
Contributions to the development of the methods implemented in GCTA (e.g., GREML methods, COJO, mtCOJO, MLMA-LOCO, fastBAT, fastGWA and fastGWA-GLMM) can be found in the corresponding publications (https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/index.html#Overview). ...
The script creates and modifies GRMs using different models like GREML, LDAK-Thin, LDAK (we refer it to as LDAK-Weights as it uses SNP specific weights), extracts the set of duos using kinship-coefficient cut-off (0.05). For the latter one, script searches for "mduos_extract_list.txt...
评估SNP遗传力有两种方法LDSC和GREML, 本文介绍下GREML评估遗传力的方法。在GCTA软件中,其核心就是如下所示的线性混合模型 其中y表示表型,b表示固定效应协变量的系数,u表示随机效应自变量的系数, 这里的随机效应指的就是所有SNP位点对表型的效应,e表示随机误差。其中u和e服从如下所示的正态分布 ...
Contributions to the development of the methods implemented in GCTA (e.g., GREML methods, COJO, mtCOJO, MLMA-LOCO, fastBAT, fastGWA and fastGWA-GLMM) can be found in the corresponding publications (https://yanglab.westlake.edu.cn/software/gcta/index.html#Overview). ...