--make-grm-gz Estimate the GRM, save the lower triangle elements to a compressed text file (e.g. test.grm.gz) and save the IDs in a plain text file (e.g. test.grm.id). 估计的GRM文件,存储矩阵的下三角,压缩文件,存储ID信息 「Output file format」test.grm.gz (no header line; column...
--make-grm or --make-grm-bin Estimate the genetic relationship matrix (GRM) between pairs of individuals from a set of SNPs and save the lower triangle elements of the GRM to binary files, e.g. test.grm.bin, test.grm.N.bin, test.grm.id. 结果会生成矩阵的下三角,保存为二进制文件。
#--make-grm-part m i # Partition the GRM into 3 parts gcta64 --bfile test --make-grm-part 3 1 --thread-num 5 --out test gcta64 --bfile test --make-grm-part 3 2 --thread-num 5 --out test gcta64 --bfile test --make-grm-part 3 3 --thread-num 5 --out test # Merge ...
第一种:Yang的方法--make-grm 0 第二种:Van的方法--make-grm-alg 1 第二步:PCA计算 1. GCTA构建kinship的方法 使用--make-grm-alg进行设置,0位Yang的方法,1位Van的方法。 「Yang的方法:」 GRM = sum{[(xij- 2pi)*(xik- 2pi)] / [2pi(1-pi)]}/N 「Van的方法:」 GRM = sum[(xij- 2...
其中构建亲缘关系矩阵有2种方法可以选择，第一种：Yang的方法，参数 --make-grm 0 ；第二种：VanRaden的方法，参数 --make-grm-alg 1。而plink软件通过参数 --pca 即可一步进行PCA分析。同时也可分步进行，基于plink软件先构建亲缘关系矩阵（参数使用 --make-rel ，软件官网说明默认使用Yang方法），再基于GCTA...
GRM矩阵,全称:genetic relationship matrix (GRM)。 GCTA计算GRM有两种方法 默认的Yang,–make-grm-alg 0 Van的方法:–make-grm-alg 1 GCTA计算GRM有两种形式 默认的二进制形式:–make-grm,或者 --make-grm-bin 文本格式(三元组):–make-grm-gz
--make-grm生成grm矩阵 --out生成前缀名 会生成如下三个文件夹: (base) [dengfei@localhost plink_file]$ ls grm* grm.grm.bin grm.grm.id grm.grm.N.bin 7. 利用构建好的G矩阵, 计算PCA分析 --grm test: 这里的xx是前缀, 它其实包括三个文件: ...
gcta --bfile test --make-grm-bin --make-grm-alg 1 --out g1 3-4 将二进制G矩阵变为N*N的G矩阵 首先使用R语言读取二进制矩阵,然后用ASRgenomics将其变为逆矩阵的三元组ginv,可以直接被asreml使用。 代码如下: library(tidyverse) library(data.table) ...
gcta --bfile test --make-grm-bin --make-grm-alg 1 --out g1 3-4 将二进制G矩阵变为N*N的G矩阵 首先使用R语言读取二进制矩阵,然后用ASRgenomics将其变为逆矩阵的三元组ginv,可以直接被asreml使用。 代码如下: library(tidyverse) library(data.table) ...
gcta64 --bfile ../test --make-grm --make-grm-alg 1 --out g2 结果文件: 4. 单性状估算遗传力和标准误 这里,已经构建好了GRM矩阵,指定表型数据,进行遗传力的估计 4.1 使用Yang的GRM矩阵 gcta64 --grm g1 --pheno ../test.phen --reml --out re1 ...