对于人类基因组,GC含量一般在40%左右。而对于原核生物,GC含量的变化范围则相对较大,为20%\~75%。 如果发现GC含量的图谱明显偏离这个值,那么说明测序过程存在较高的序列偏向性,结果就是基因组中某些特定区域被反复测序的几率高于平均水平,除了覆盖度会有偏离之外,将会影响下游的变异检测和CNV分析。 如需更多全基因...
随着基因检测的普及,对于基因组中涉及到高GC含量的扩增及其Sanger测序成为越来越多人遇到的棘手问题。本文通过实例分析高GC的解决方案。 实施案例1:检测人FOXC1基因中的rs545470261;rs572346201两个SNP位点。 1、DNA模板模板制备。用GenoSton公司的试剂盒D801202提取人的200μl血液DNA,得到浓度为55.1ng/µl的DNA,共...
【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系 在前面我们用ChIP-seq的分析方法可视化了一下我的WGS数据,结果我们的测序深度分布居然是跟基因组的genomic feature相关。 比如在TSS附近,就很明显看到了一个测序深度峰值(具体内容点击【直播】我的基因组 44:比对文件画profile和heatmap图),但是前面我们并没有给出直接...
05-测序深度矫正GC含量和文库大小是「生信技能树」单细胞基因组数据拷贝数变异分析流程的第5集视频,该合集共计11集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
我觉得我这次画的图还不错,很明显能看到这个趋势,GC含量比较高的窗口,有着相应比较高的测序深度! 完美的证明成功啦~ 给自己一百个赞,虽然我没有对全基因组数据做验证,但是基因组差异没那么大,我也随机抽样了几次,发现都有这个趋势。 我的R代码如下: ...
当GC含量大于65%或小于35%时测序难度均会增加，需要构建不同长度测序文库，并通过加大测序量才能够达到组装标准。
以前是自己写脚本:【直播】我的基因组47:测序深度和GC含量的关系可能是太复杂,大多数读者表示看不懂,所以我重新使用已有的轮子来做这件事。 下载hg38参考基因组 直接谷歌搜索即可: 拿到下载链接,近1G大小的文件,里面存放分类约3G的参考基因组。 http://hgdownload.cse./goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz ...
单分子测序技术组装出高GC含量的极地微生物基因组 极地微生物是一个特殊的群体,它们生存在正常生物无法生存的环境中,对这些微生物进行研究能够揭示诸如全球气候变暖、生物进化等方面的问题。此外,这些极地微生物有着迥异于正常环境微生物群体的代谢类型,能够帮助人们寻找更加有效的抗生素,有助于发现新型的药物应用于医学领...
产生甲胎蛋白的胃癌(AFPGC)是一种罕见的侵袭性胃癌亚型,其特点是肝转移率高,预后极差。对AFPGC进行全外显子组测序分析,鉴定出34个显著突变的基因。体细胞拷贝数改变分析揭示了几个显著的局灶扩增(如19q12, 17q12)和局灶缺失(...
近日,威尔康奈尔医学研究所、纽约长老会医院、纽约基因组中心(NYGC)和Illumina联合宣布,将向数千名自愿接受治疗的患者提供临床全基因组测序(WGS)。该计划旨在基于遗传学,针对多种疾病(包括癌症、心血管疾病、代谢性疾病和神经退行性疾病等)...