export PERL5LIB="/public/home/wlxie/miniconda3/envs/biosoft/lib/perl5/site_perl/5.22.0/:$PERL5LIB" 这样所有的配置就完成了。 3. gbff格式转换gff3 github上有许多gbff格式转gff3格式的脚本代码,有用biopython做的,也有bioperl做的,可能是我配置的问题,试了几个脚本后只有一个可以顺利转换。本来想研究...
perlbp_genbank2gff3.plfile.gbff 方法1: 使用GFF_tools http://biowiki.org/wiki/index.php/Gff_Tools 点解上方找到链接,进入后,找到Genbank to GFF 进入。如下图: #将复制的代码贴到以.pl结尾的空白文件当中 vigbff2gff.pl # 运行下面命令 perlgbff2gff.plfile.gbff 根据两个脚本都能得到gff文件,输出...
python3 gbff_gff3.py-h usage:---This is a little script to convert gbff to gff3.The input file must downloadfromNCBIwebsite.---ifyou have any question please contact me,email:albert_xin@qq.com[-h][-i][-oFILE_OUT]optional arguments:-h,--help showthishelp message and exit-i,--f...
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