复制上面的代码,新建一个文件,粘贴进去,然后把这个文件保存为gbff2gff3.py,确定后缀名为.py,电脑上安装python3.6的解释器,这个安装可以百度到,安装好之后,Win+R打开运行,输入cmd进入到黑窗口,在里面输入python gbff2gff3.py按回车,根据页面上的提示进行。 说明 执行完之后,会将一个几百兆的gbff文件转成一个
export PERL5LIB="/public/home/wlxie/miniconda3/envs/biosoft/lib/perl5/site_perl/5.22.0/:$PERL5LIB" 这样所有的配置就完成了。 3. gbff格式转换gff3 github上有许多gbff格式转gff3格式的脚本代码,有用biopython做的,也有bioperl做的,可能是我配置的问题,试了几个脚本后只有一个可以顺利转换。本来想研究...
chmodu+xbp_genbank2gff3.pl # 运行下面命令 perlbp_genbank2gff3.plfile.gbff 方法1: 使用GFF_tools http://biowiki.org/wiki/index.php/Gff_Tools 点解上方找到链接,进入后,找到Genbank to GFF 进入。如下图: #将复制的代码贴到以.pl结尾的空白文件当中 vigbff2gff.pl # 运行下面命令 perlgbff2gff...