GBFF和GFF都是用于存储基因组注释信息的文件格式,但它们的格式和结构有所不同。在R中,可以使用`biomaRt`、`Biostrings`以及`GenomicFeatures`等包来处理这些文件。然而,直接转换这两种格式的现成函数并不常见,因此通常需要一些自定义代码来实现这种转换。 ### 所需R包安装与加载 首先,确保你已经安装了必要的R包: `...
GBFF文件转GFF文件 从NCBI上下载下来的GBFF文件,使用python脚本可以转化为GFF文件 https://blog.csdn.net/weixin_42677653/article/details/116398985 这个脚本可以直接使用,将py脚本文件和你要处理的文件夹放一起,然后进入这个文件夹,输入:python gbff2gff3.py运行这个文件,然后按照他的提示进行操作就可以了。
先安装Biopython，见前篇随笔 再安装 bcbio-gff pip install bcbio-gff Google是法宝，直接搜索 UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0x8b in position 1: invalid start byte ，得到如下解，见 stackoverflow 修改新的对应文件名后再运行脚本 python gbff2gff3.py 于是...
提交之后被告知需要gff格式的,因为gbf格式中没有基因相关结构的位置信息。找了一个perl脚本完成了任务。 emmmmm….其实不是很理解,因为gbff格式和gff格式是可以相互转换的,如果gbff注释文件中有信息缺失,那么gff格式也同样没有相关信息….不管怎么样先转换个格式交差,网上搜了下有前人写的perl脚本可以用,但是我以前...
gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式 在NCBI下载参考基因组,没有找到gff格式的基因组注释文件,只找到了gbff 。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文件不同格式之间的相互转换。就简单的进行了gb→gff 之间的相互转换。 方法有很多,我只测试了2种: ...
gbff格式转gff :param input_filename: 输入文件名, 如 GCA_085.1_ASM148v1_genomic.gbff :param output_filename: 输出文件名, 如 GCA_085.1_ASM148v1_genomic.gff :return: """ # 输入文件名,如果不在当前目录下,请使用绝对路径 input_filename = input_filename ...
老师，问一下，ncbi中没有基（因组注释文件（GFF），只有GENEBANK的文件（GBFF），这个文件可以转为GFF...
请问可以实现将gbff格式的文件转化为gtf或gff吗？因为我没有计算机背景，现在急用数据，所以希望能够获得...
gbff是NCBI基因组数据库常见的基因组genebank格式文件,在实际分析中,常常需要gff格式或者gtf格式,所以就存在gbff转换gff格式的需求 image.png 先安装Biopython,见前篇随笔 再安装 bcbio-gff pip install bcbio-gff $ pip install bcbio-gff Collecting bcbio-gff ...
最近在ncbi上下载了gbff文件,结果大多数软件对gbff文件并不友好,需要将其转为gff3文件,然后通过查阅相关资料后整理了一个python脚本,能方便的进行转换。 需要两个依赖包一个是biopython,另一个是bcbio-gff,下面是安装命令,当然也可以用conda安装 pipinstallbiopython ...