GBFF文件转GFF文件 从NCBI上下载下来的GBFF文件,使用python脚本可以转化为GFF文件 https://blog.csdn.net/weixin_42677653/article/details/116398985 这个脚本可以直接使用,将py脚本文件和你要处理的文件夹放一起,然后进入这个文件夹,输入:python gbff2gff3.py运行这个文件,然后按照他的提示进行操作就可以了。
脚本使用很简单,将上述脚本保存为gbff_gff3.py,然后再终端中输入python3 gbff_gff3.py -h 就能看见如下帮助了 然后在命令行中输入python3 gbff_gff3.py -i your_gbff_file.gbff 然后回车就能将其转化为gff3文件了。
GenBank 格式是 NCBI 开发的一种能同时包含序列信息和注释信息的文件格式,一般后缀为 .gbff。 NCBI Genome 中 GBFF 的下载选项 GFF 格式是更为通用的基因结构注释文件格式,一般仅包含基因结构的位置信息,常见后缀为 .gff、.gff3。 在网上找了一圈,感觉将 GenBank 格式转为 GFF 格式的现成工具并不多,有一个是...
将代码中your_file.gff改成自己想要生成的gff文件名,如GCA_010614865.1_ASM1061486v1_genomic.gbff.gff 保存改好的代码并命名为python gbff2gff3.py 运行这个脚本python gbff2gff3.py 报错情况1 $ python gbff2gff3.py File"gbff2gff3.py",line28out_handle.close()fromBCBioimportGFF^SyntaxError:invalid syn...
gbff格式转gff :param input_filename: 输入文件名, 如 GCA_085.1_ASM148v1_genomic.gbff :param output_filename: 输出文件名, 如 GCA_085.1_ASM148v1_genomic.gff :return: """ # 输入文件名,如果不在当前目录下,请使用绝对路径 input_filename = input_filename ...
gbff 格式注释文件转换成gff3注释文件格式 在NCBI下载参考基因组,没有找到gff格式的基因组注释文件,只找到了gbff 。应该会有现成的工具来实现常用的基因组注释文件不同格式之间的相互转换。就简单的进行了gb→gff 之间的相互转换。 方法有很多,我只测试了2种: ...
基因组注释文件gbff格式转换gff3格式 前几天老师布置了一个任务,寻找夹竹桃科Apocynaceae分类下的物种参考基因组,我在plaBiPD网站和NCBI的genome数据库中只找到包括罗布麻在内的5个已发表物种参考基因组,且都是gbff格式的。提交之后被告知需要gff格式的,因为gbf格式中没有基因相关结构的位置信息。找了一个perl脚本完成了...
byte ，得到如下解，见 stackoverflow 修改新的对应文件名后再运行脚本 python gbff2gff3.py 于是得到以下 替换方法： https://github.com/jorvis/biocode/blob/master/gff/convert_genbank_to_gff3.py 总结：转换后并不能得到直接可用的完整注释文件，建议直接搜索已有的注释文件 ...
zhangmiao934 白丁 1 请教大家一下用python如何将gbff格式转gff格式,自己捣鼓了一天也没有弄明白。 zhangmiao934 白丁 1 水杨酸根 白丁 1 我也想知道怎么转 登录百度帐号 扫二维码下载贴吧客户端 下载贴吧APP看高清直播、视频! 贴吧页面意见反馈 违规贴吧举报反馈通道 贴吧违规信息处理公示...
请问可以实现将gbff格式的文件转化为gtf或gff吗？因为我没有计算机背景，现在急用数据，所以希望能够获得...