total1.2G-rw-r--r--.1root root 392M Dec118:14seg1_1.vcf-rw-r--r--.1root root 410M Dec118:15seg1_2.vcf-rw-r--r--.1root root 386M Dec118:14seg1_3.vcf 002、对vcf文件进行合并 gatk MergeVcfs -I seg1_1.vcf -I seg1_2.vcf -I seg1_3.vcf -O xxx.vcf ## 合并命令 ...
002、多个g.vcf文件可以写为一个list文件 gatk CombineGVCFs -R GCF_000001735.4_TAIR10.1_genomic.fna --variant gvcf.list -O cohort.g.vcf.gz ## 脚本需要在g.vcf文件所在的路径中运行 gvcf.list格式: SRR21814498.g.vcf SRR21814509.g.vcf SRR21814514.g.vcf 003、变异检测、生成vcf文件 gatk --jav...
bcftools或gatk或vcf-merge或plink合并vcf⽂件bcftools 见命令：bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz gatk 见命令：java -jar picard.jar MergeVcfs \ I=input_variants.01.vcf \ I=input_variants.02.vcf.gz \ O=output_variants.vcf.gz vcf-merge 见命令：vcf-...
gatk --java-options "-Xmx50g" IndexFeatureFile -I demo.g.vcf
首先输出gvcf文件 代码如下,把所有的样本的bam文件都走一波gatk的HaplotypeCaller的GVCF模式,得到后缀为_raw.g.vcf的文件(这个文件非常占硬盘空间哦) GENOME=/home/jianmingzeng/reference/genome/human_g1k_v37/human_g1k_v37.fasta TMPDIR=/home/jianmingzeng/tmp/software ...
GATK是一款强大的数据处理软件,最近在优化GWAS流程时遇到一个麻烦事,就是要将各样品的VCF文件进行合并,本来GATK里面有一个可以合并VCF数据的命令 CombineGVCFs,可以将所有样品的VCF合并成一个文件。但是这个命令需要一个一个输入文件名。 熟悉GWAS的小伙伴应该清楚,GWAS项目动辄上百个样品,让人一个一个输入还是很繁琐...
bcftools 或 gatk 或 vcf-merge 或 plink 合并vcf文件 2018-07-06 15:10 −... 橙子牛奶糖 5 5467 利用vcftools比较两个vcf文件 2019-12-11 20:27 −因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件。 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.sn...
bcftools 见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge gatk 见命令: java -jar p
首先输出gvcf文件 代码如下,把所有的样本的bam文件都走一波gatk的HaplotypeCaller的GVCF模式,得到后缀为_raw.g.vcf的文件(这个文件非常占硬盘空间哦) GENOME=/home/jianmingzeng/reference/genome/human_g1k_v37/human_g1k_v37.fasta TMPDIR=/home/jianmingzeng/tmp/software ...