GATK CNV calling步骤(优化了XHMM) GATK | Tool Documentationsoftware.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/current/org_broadinstitute_hellbender_tools_copynumber_AnnotateIntervals.php#--intervals 第一步:前
值得注意的是这个cnvponM.pon.hdf5文件, h5py文件是存放两类对象的容器,数据集(dataset)和组(group),dataset类似数组类的数据集合,和numpy的数组差不多。group是像文件夹一样的容器,它好比python中的字典,有键(key)和值(value)。group中可以存放dataset或者其他的group。”键”就是组成员的名称,”值”就是组成...
我们接上文:满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV一文中实现了对于卫计委室间质评数据分析以及与满分结果的匹配。本文将着重解决,保证最终结果一致的情况下,如何优化分析性能(并行化),如何将分析时间从 3h 59m 53s缩短至 1h 10m 38s。 优化的方向:实际运行GATK4.X的工具如Mutect2时,发现其运行效率相...
最近准备为sliverworkspace 图形化生信平台开发报告设计器,需要一个较为复杂的pipeline作为测试数据,就想起来把之前的 [[满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV(下)性能优化]]翻出来用一下。跑了一遍发现还是各种问题,于是想把pipeline改造成免部署、首次运行初始化环境的版本,以便需要时候能够直接运行起来,于是...
gatk GermlineCNVCaller should run as expected. Actual behavior TypeError: ('The following error happened while compiling the node', forall_inplace,cpu,scan_fn}(Elemwise{Maximum}[(0, 0)].0, Subtensor{int64:int64:int8}.0, Subtensor{int64:int64:int8}.0, IncSubtensor{InplaceSet;:int64:}.0...
方卫目前担任武汉华盛东方科技有限公司法定代表人,同时担任武汉华盛东方科技有限公司财务负责人,执行董事,经理;二、方卫投资情况:方卫目前是武汉华盛东方科技有限公司直接控股股东,持股比例为100%;方卫间接持股企业6家,包括投资深圳启润德科技有限公司、投资占比达1.72%,深圳启润德信息技术有限公司、投资占比达1.72%等;目前...
至少gatk-4.0.2.1.zip无法走CNV流程,我重新下载了目前最新版的才能顺利运行: wgethttps://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.0.3.0/gatk-4.0.3.0.zip 首先制作外显子坐标记录文件 ##follow pdf from workshop ## /home/jianmingzeng/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38 ...
最近准备为sliverworkspace图形化生信平台开发报告设计器,需要一个较为复杂的pipeline作为测试数据,就想起来把之前的 [[满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV(下)性能优化]]翻出来用一下。跑了一遍发现还是各种问题,于是想把pipeline改造成免部署、首次运行初始化环境的版本,以便需要时候能够直接运行起来,于是...
满分室间质评之GATK Somatic SNV+Indel+CNV+SV(下)性能优化 node.jspythonsql #此处是原先Manta分析SV的步骤一,生成runWorkflow.py,因为这一不步速度很快,所以串行执行 rm -f ${result}/${sn}/runWorkflow.py python ${tools.manta} \ --normalBam ${result}/${sn}NC_marked.bam \ --tumorBam ${res...
至少gatk-4.0.2.1.zip无法走CNV流程,我重新下载了目前最新版的才能顺利运行: wgethttps://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.0.3.0/gatk-4.0.3.0.zip 首先制作外显子坐标记录文件 ##follow pdf from workshop ## /home/jianmingzeng/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38 ...