第一步先对每个样本 call 突变,用到了 HaplotypeCaller ,而且是在 GVCF 模式下,代码是: 代码语言:javascript 复制 ${GATK}--java-options"-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./tmp"HaplotypeCaller \-R${GENOME}\-ERCGVCF\-I5.gatk/${id}_bqsr.bam \-O6.gvcf/${id}.g.vcf.gz \--intervals ${bed}\1>./...
2.2.1 多样本的SNP和INDEL检测 使用HaplotypeCaller的GVCF模式,找到每个样本SNP和INDEL变异。在GVCF模式下,每个样本的结果文件以gvcf(genomic vcf)格式文件呈现,实际上gvcf格式和vcf格式类似,gvcf记录所有位点的突变情况,并且提供这些位点是否是纯和的置信度,主要还是方便将所有样本的gvcf联合起来方便分析。 123456 COPY...
总结 在处理单样本时:可以直接使用VCF文件 在处理多样本时:由于使用普通的vcf文件进行合并,无法区分./.和0/0的情况(./.是未检出的基因型,而0/0是未突变的基因型),会使结果出现偏差。所以,当有多样本时,官方建议使用HaplotypeCaller对单bam文件分别进行变异检测,生成GVCF文件之后在下一步对GVCF文件进行合并。 参...
GATK的HaplotypeCaller 应该是目前最常用的变异检测软件,尤其是在人类基因组上。不过HaplotypeCaller的速度相对于其他软件,例如bcftools, freeBayes 也是最慢的,当然这还是可以抢救一下的,只不过需要我们额外写一些代码,利用--intervals参数进行手动并行。 如下代码仅考虑单个样本,多个样本的gvcf文件类似 策略1: 按照染色体进行...
1.GATK-HaplotypeCaller简介 众所周知,基因组学最重要的内容之一就是变异检测,一般测序公司会完成snp calling的工作,但是作为一个合格的生信狗,怎能不了解snpcalling的原理呢。 目前snp calling主流的方法有bcftools call和GATK HaplotypeCaller,二者原理相近,一般测序公司会同时进行,取snp的交集,今天小果就带大家了解一下...
即:单个样本的GVCF文件;由CombineGVCFs模块将多个样本的GVCF文件生成在一起的文件;由GenomicsDB模块将多个样本GVCF处理生成一起的工作空间。当然这里的GVCF 文件是由HaplotypeCaller模块的-ERC GVCF或者-ERC BP_RESOLUTION参数产生, 如果是其他工具生成的GVCF可能会因为缺少某些GenotypeGVCFs需要的重要信息导致出错。
printf "Execution time for HaplotypeCaller : %.6f seconds" $dur echo done 理论上只要是bam文件里面表示该样本的基因组上面 某个位点被覆盖过,就会输出该位点的信息,无论其是否是突变。 这个输出的gvcf文件格式并不需要解释,也不需要理解,反正就是中间文件,当然,也欢迎有求知欲的同学继续深入了解哈。
GATK-HaplotypeCaller的变异检测的基本原理 当HaplotypeCaller运行时,程序会从头开始组装短序列,并进行比对,当序列余参考基因组存在差异时,它可能时测序错误、软件精确度不够、抽样误差等原因,当组装当变异活跃的区域时,HaplotypeCaller会局部重新组装区域来确定基因型,假设一共由30条read比对到这个位点上,其中有20条read都...
HaplotypeCaller是一种基于基因型的变异检测方法,可以在多个样本上进行联合变异检测,提高变异检测的准确性和灵敏性。 4.后续处理:除了变异检测之外,还可以进行一些后续的处理步骤,比如过滤变异、注释变异、基因型间的一致性检查等。GATK提供了一系列的工具用于这些后续处理步骤。 5.结果分析:最后一步是对结果进行分析,...
由 CombineGVCFs 模块将多个样本的GVCF文件生成在一起的文件；由 GenomicsDB 模块将多个样本GVCF处理生成一起的工作空间。当然这里的GVCF 文件是由 HaplotypeCaller 模块的 -ERC GVCF 或者 -ERC BP_RESOLUTION 参数产生， 如果是其他工具生成的GVCF可能会因为缺少某些 GenotypeGVCFs 需要的重要信息导致出错...