红色是配准后的T1w,和T2w还是没有对的很齐 我们这种从图像直接配准到参考空间,只需要一步配准,因此可以叫 single_stage registration(单阶段配准)。 对此,还有多阶段配准。 功能成像或扩散成像,然后我们也有一个特定的t1加权结构扫描主题,我们还...
这是一张EPI和B0场图。在失真矫正中，fsl会：首先，沿着相位编码方向展开，之后记录丢失的信号。随后不是恢复额叶的信号而是降低配registration中有大量信号丢失区域的权重。在FSL中的操作如下图所示(GUI):最上方箭头所指fieldmap放场图，中间的fieldmap mag放Brain-extracted Fieldmap Magnitude(whole-head in the sa...
首先,沿着相位编码方向展开,之后记录丢失的信号。随后不是恢复额叶的信号而是降低配registration中有大量信号丢失区域的权重。 在FSL中的操作如下图所示(GUI): 最上方箭头所指fieldmap放场图,中间的fieldmap mag放Brain-extracted Fieldmap Magnitude(whole-head in ...
首先,沿着相位编码方向展开,之后记录丢失的信号。随后不是恢复额叶的信号而是降低配registration中有大量信号丢失区域的权重。 在FSL中的操作如下图所示(GUI): 最上方箭头所指fieldmap放场图,中间的fieldmap mag放Brain-extracted Fieldmap Magnitude(whole-head in the same folder)。最下方箭头处选择相位编码的方向。
点击点击FDT最上面的按钮,选择’Registration’, Bedpost 目录选择被试目录下的‘DTI.bedpost’。激活‘Main structural image’ ,选择被试剥去头皮的高分辨率结构像(mprage_brain),这是Standard space会自动选择相匹配的标准图像,点击’go’。 上面的分析,如果使用命令行,如下:...
红色是配准后的T1w,和T2w还是没有对的很齐我们这种从图像直接配准到参考空间,只需要一步配准,因此可以叫 single_stage registration(单阶段配准)。 对此,还有多阶段配准。 功能成像或扩散成像,然后我们也有一个特定的t1加权结构扫描主题,我们还需要将东西放入标准空间,因此我们现在有三个不同的空间,我们将进行多阶段...
fsl 下载地址:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsldownloads_registration [2] 官网macOS 安装说明:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/MacOsX [3] XQuartz下载地址:https://www.xquartz.org/ [4] 官网macOS 安装说明:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FslInstallation/MacOsX ...
使用fsl调出fdt,选择Registration,生成两个转换文件(.mat格式) Note: 需要与T1结构像,对结构像进行格式转换,Bet处理(去除头盖骨,tbss处理用到过) 需要将nodif_brain放在Bedpostx文件夹中 21. 示踪分析 使用fsl调出fdt,选择Probtrackx 1) 选择bedpostx文件夹 2) 选择种子mask(利用roi命令行生成) -roi zero outsid...
您需要提供由MELODIC或FEAT GUI创建的完整的“一级first-level”(单session)输出目录(<mel.ica>),并运行完整的配准(registration),包括使用结构像。如果使用FEAT,你需要在Prestats中打开ICA。对于单个被试ICA,一般应该使用MELODIC的自动维数估计(这将创建子文件夹< meli.ICA >/filtered_func_data.ica)。20是好组件...
1.图像预处理:FSL提供了一系列的图像预处理工具,包括图像配准(Registration)、去噪(Denoising)、平滑(Smoothing)等,用于优化图像质量和准确性。 2.结构性MRI分析:FSL可以进行结构性MRI数据的分析,如脑体积测量(Volumetric Analysis)、脑皮层厚度...