弥散MRI:FDT,TBSS,XTRACT,eddy,topup,eddyqc 一般线性模型(GLM)/统计:GLM general advice,Randomise,PALM,Cluster,FDR,Dual Regression,Mm,FLOBS 其他:FSLeyes,Fslutils,Atlases,Atlasquery,SUSAN,FUGUE,MCFLIRT,Miscvis,POSSUM,BayCEST,ICA...
一(转换到Nifti格式)：可以使用dcm2niix工具进行无损转换，同时也可以自订输出文件的格式以应对不同的处理工具。该工具可在如下网站找到：https://www.nitrc.org/plugins/mwiki/index.php/dcm2nii:MainPage 也可以使用常用的MRIcroGL工具进行这一步，可在以下网址找到：https://www.nitrc.org/projects/mricrogl/...
If a temporal design was specified in thePost-Statssection then the time series plot will also contain a plot of the total model fit. In addition, a simple GLM table will describe the fit in detail, providing information of the regression parameter estimates (PEs). Furthermore, MELODIC will ...
GLM / Stats: GLM general advice, Randomise, Cluster, FDR, Dual Regression, Mm, FLOBS Other: FSLeyes, FSLView, Fslutils, Atlases, Atlasquery, SUSAN, FUGUE, MCFLIRT, Miscvis, POSSUM, BayCEST 官方网站:https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FSL 下载地址 获取官方下载地址: https://fsl....
这一步的目的是使用插值/时间导数(具体使用GLM)将不同时间点的切片对其至同一时间点上。因为MRI扫描时每个slice的时间点不同,为了采集到整个大脑的状态数据,扫描脉冲会在TR时刻内扫描到>=30个slice。过去扫描序列是从上到下或者从下到上的顺序序列,目前通常是...
FEAT工具多用于对task/res-fMRI数据进行预处理和统计分析(1st、2st),基于实验设计的复杂性与否可以自行选择自己定义的design matrix或是利用程序自动进行简单的矩阵生成进行GLM分析或是ICA。 预处理步骤: 预处理大致包含的步骤如下图所示,其中红色是必选项,蓝色为按照自己的实验设计与需求进行的附加项。其基本都可以在...
Use Glm (or any other method) to create your multi-subject design matrix and contrast files (design.mat/design.con). Run dual_regression. Just type the script name to get the usage - should be mostly self-explanatory: The 4D group spatial IC maps file will be something likesomewhere.ica...
FEAT工具多用于对task/res-fMRI数据进行预处理和统计分析(1st、2st),基于实验设计的复杂性与否可以自行选择自己定义的design matrix或是利用程序自动进行简单的矩阵生成进行GLM分析或是ICA。 预处理步骤: 预处理大致包含的步骤如下图所示,其中红色是必选项,蓝色为按照自己的实验设计与需求进行的附加项。其基本都可以在...
在glm模型中,去除头动协变量:spm中的方法是,将在头动矫正估计得到的参数,作为设计矩阵的协变量,进行回归去除。然而,fsl中,认为这种方法的有效性值得怀疑,所以采用了ica进行头动伪影的识别和去除。 参考:http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FEAT/ ...
MELODIC - FslWiki Research Overview