2.使用命令行 图像界面一目了然,但只能单个处理,没法批量。命令行可以解决这个问题。可调的参数也更多。 终端输入bet2可查看使用说明,推荐使用bet2而不是bet AI检测代码解析 Usage: bet2 [options] eg: bet2 T1Flair.nii.gz T1Flair_brain -o -m -f 0.5 1. 2. 3. 参数解释 -o: 生成叠加图像。 -...
格式转换:首先,需要将DTI数据的格式转换为FSL能够处理的格式,通常是nii.gz格式。可以使用dcm2nii或dcm2niix等工具进行转换。 bash dcm2nii *.dcm 此命令会将所有dcm格式的文件转换为nii.gz格式,并生成相应的.bval和.bvec文件,这两个文件分别描述了磁场梯度施加的强度和方向。 2. 脑提取(BET) 目的:脑提取的...
这里就可以用到bet功能,该过程可以叫 [去骨/脑组织提取] 从图上来看,操作也是非常简单,一句命令就搞定了。图片上有橘色和紫色区域就是提取出的脑组织。 2. 分割之--组织分割 上述中,我们只是把脑组织从图像里分割出来,更进一步,我们可以对脑实质进行分割...
功能MRI:FEAT,MELODIC,FABBER,BASIL,VERBENA 结构MRI:BET,FAST,FIRST,FLIRT&FNIRT,FSLVBM,SIENA & SIENAX,MIST,BIANCA,MSM,fsl_anat 弥散MRI:FDT,TBSS,XTRACT,eddy,topup,eddyqc 一般线性模型(GLM)/统计:GLM general advice,Randomise,PA...
单击应用以产生面具在这个例子将保存文件名set01datacorbrainmask或者在命令行中运行bet例如bet2set01datacorset01datacorbrainf0243计算扩散张量及相关参数使用fsl扩散工具包fdt如上所述使用下拉菜单选择dtifit重构扩散张量选择指定输入文件手动输入并为每个字段相应文件铭记关于以上重复目录名意见如果使用cygwin下文件浏览 ...
windows下安装步骤如下: 1、下载FSLvm因为FSL要运行在linux下,所以windows系统只能用虚拟机FSLvm 2、下载VMware Player,安装教程网上有,装好就行了 3、解压FSLvm,通过VMPlayer打开 FSLVm6_64.vmx 4、系统默认的密码是fsluser 5、在终端cd到桌面安装fslinstaller.py ...
sMRI剥脑壳--基于FSL_BET 1.终端输入fsl后打开BET 输入图像位置,生成图像位置,设置图像密度阈值f(f值越小,切割大脑轮廓设定越大), 选择bet执行算法,点击Go运行 2.参数选择(点击Advanced options) -f <f> fractional intensity threshold (0->1); default=0.5; smaller values giv... 查看原文 FSL之bet颅骨...
首先,强烈推荐大家安装WSL2,因为它比WSL1有了很多改进。安装好WSL2后,你就可以在Windows上直接运行Linux命令行工具了,比如bet、fast、fdt等等。遇到的问题 😓 不过,有个小问题是,WSL2并不支持直接通过FSL命令打开可视化窗口。你会遇到一个错误:“no display name and no $DISPLAY environment variable”。这是因...
这里就可以用到bet功能,该过程可以叫 [去骨/脑组织提取] 从图上来看,操作也是非常简单,一句命令就搞定了。图片上有橘色和紫色区域就是提取出的脑组织。 2. 分割之--组织分割 上述中,我们只是把脑组织从图像里分割出来,更进一步,我们可以对脑实质进行分割,分割出白质(WM),灰质(GM)以及核团(CSF)。
在FEAT_GUI的操作，点击BET后方块，高亮后出现下图 随后修改自己想要的参数即可。命令行实现方式如下:bet [options]选项如下:-R robust brain centre estimation -c < x y z> centre-of-gravity (voxels not mm) of initial mesh surface[crop image before running BET with –R/-c] robustfov –i -...