2.使用命令行 图像界面一目了然,但只能单个处理,没法批量。命令行可以解决这个问题。可调的参数也更多。 终端输入bet2可查看使用说明,推荐使用bet2而不是bet AI检测代码解析 Usage: bet2 [options] eg: bet2 T1Flair.nii.gz T1Flair_brain -o -m -f 0.5 1. 2. 3. 参数解释 -o: 生成叠加图像。 -...
在FEAT_GUI的操作，点击BET后方块，高亮后出现下图 随后修改自己想要的参数即可。命令行实现方式如下:bet [options]选项如下:-R robust brain centre estimation -c < x y z> centre-of-gravity (voxels not mm) of initial mesh surface[crop image before running BET with –R/-c] robustfov –i -...
在FEAT_GUI的操作,点击BET后方块,高亮后出现下图 随后修改自己想要的参数即可。 命令行实现方式如下: bet [options] 选项如下: -R robust brain centre estimation -c < x y z> centre-of-gravity (voxels not mm) of initial mesh surface[crop image...
单击应用以产生面具在这个例子将保存文件名set01datacorbrainmask或者在命令行中运行bet例如bet2set01datacorset01datacorbrainf0243计算扩散张量及相关参数使用fsl扩散工具包fdt如上所述使用下拉菜单选择dtifit重构扩散张量选择指定输入文件手动输入并为每个字段相应文件铭记关于以上重复目录名意见如果使用cygwin下文件浏览 ...
必须是去掉颅骨的图像(FSL-BET去头骨) 单一图像(可以是T1w,T2w,质子像)或者多序列图像(须配准, FSL-FLIRT 配准) 最好是健康大脑,如果图像中有异常,比如T2图像异常为高信号,则高信号可能被识别成脑脊液,因为在脑脊液也是高信号。当然后面给出了解决方法 ...
命令:fslroi file2 b0 0 -1 0 -1 0 -1 0 1 输出文件:b0.nii.gz 3.剥脑 命令:bet2 b0.nii.gz nodif_brain -m -f 0.3 bet2 file1 -m -f 0.3 需处理的文件包括:.nii.gz格式的3DT1数据和DTI数据 输出文件:nodif_brain.nii.gz和nodif_brain_mask.nii.gz 需要检查剥脑效果,后面如果想做...
然后我们需要bvecs和bvals文件,这两个文件告诉我们DTI的方向信息,在进行格式转换(DCM>NifTI)的时候,这两个文件会自动生成。利用001图像和fsl中的bet分析包,生成一个mask,具体参数设置详见bet。 [meg@dbic-lab_x86-64_04 DTI]$bet nodif nodif_brain -f .3 -m ...
其中bet函数实现去除脑组织。-o用于观察去除头盖骨的程度是否合理,-m用于生成mask文件,该文件用于后续的概率建模,-f用于去除头盖骨,参数可以调整,-g用来去除脖颈及以下部分。 2.涡流校正: 使用的命令如下: eddy_correctinputdata0 input为格式转换后的NIfTI格式文件,data是涡流校正后的文件。0表示以第一张作为参考...
1.终端输入fsl后打开BET 输入图像位置,生成图像位置,设置图像密度阈值f(f值越小,切割大脑轮廓设定越大), 选择bet执行算法,点击Go运行 2.参数选择(点击Advanced options) -f <f> fractional intensity threshold (0->1); default=0.5; smaller values giv... ...
这里就可以用到bet功能,该过程可以叫 [去骨/脑组织提取] 从图上来看,操作也是非常简单,一句命令就搞定了。图片上有橘色和紫色区域就是提取出的脑组织。 2. 分割之--组织分割 上述中,我们只是把脑组织从图像里分割出来,更进一步,我们可以对脑实质进行分割...