mRNA Expression Transformation RNA-Seq expression level read counts produced by the workflow are normalized using three commonly used methods: FPKM, FPKM-UQ, and TPM. Normalized values should be used only within the context of the entire gene set. Users are encouraged to normalize raw read count ...
TPM=RiLi∑(RiLi)∗106=RiR100∗Li∑(RiR100∗Li)∗106=FPKM∑FPKM∗106 同样的推导,将R100替换为R75即可得:TPM=FPKMUQ∑FPKMUQ∗106, 也就是说,从 FPKM-UQ --> TPM,我们可以用同样的公式: FPKMUQtoTPM <- function(x) { return(exp(log(x) - log(sum(x)) + log(1e6))) } 本帖...
ucsc xena是一种捷好用的TCGA数据下载平台,上面囊括了所有的TCGA数据,可以非常方便下载,其中的转录组数据通常有以下几种形式,count,fpkm,fpkm-uq,那很多小伙伴不知道他们之间到底有什么区别,以后分析的时候该如何选择,还有就是选好了用什么数据怎样进行相应的处理,下面我们就来一一探讨这些问题。 这些数据有什么区别...
FPKM-UQ = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67 那么我们一般下载那种数据比较好呢? 如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数。 如果是计算样品间的相关性,聚类等,那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-UQ。当然下载counts,之后进行标准化,也是可...
return(fpkm_uq)}# 假设我们有一些基因表达计数和对应的基因长度counts=c(10,20,30,40,50)lengths=c(1000,2000,3000,4000,5000)# 计算FPKMfpkm=computeFPKM(counts,lengths)# 计算FPKM-UQfpkm_uq=computeFPKM_UQ(fpkm)print(fpkm_uq) 三种获得基因长度的方法(qq.com) ...
问:有红血丝角质层薄的人可以运动吗。会不会运动热导致毛细血管扩张然后红血丝反复这样好不了了(女,16岁) 答:这个运动的话不影响!你这个的主要那些激素品不能用,然后不能用那种去角质的,这个皮肤角质层修复以后会好的,但是需要时间,尽量避免生气,情绪激动血管也会
问题描述:你好医生,白细泡高,要输液吗,鼻子不通气(女,28) 病情分析:应该是哌拉西林,抗生素,一类药,如果面诊排除新冠,考虑是上火感冒以后引起的鼻腔感染(例如鼻窦炎,感冒鼻窦炎都会引起头疼,可以自己买个洗鼻器温生理盐水冲洗鼻腔。患者咨询记录 医生回复仅为建议,进一步确诊请到线下医院 你好医生,白细泡高,要输液...
毕鹏飞目前担任内蒙古中铭劳务服务有限公司法定代表人,同时担任内蒙古三新绿环环保科技有限公司监事,内蒙古中铭劳务服务有限公司执行董事、经理;二、毕鹏飞投资情况:毕鹏飞目前是内蒙古中铭劳务服务有限公司直接控股股东,持股比例为100%;目前毕鹏飞投资内蒙古中铭劳务服务有限公司最终收益股份为100%;三、毕鹏飞的商业合作伙伴:基于...
百度文库 关于血清病的叙述,下列哪项是错误的( ) 根据您输入的内容,为您匹配到题目: **关于血清病的叙述,下列哪项是错误的( )** A. 免疫复合物沉积于关节滑膜、毛细血管壁 B. 免疫复合物激活补体 C. 血清补体水平下降 ...
众所周知,今年的“双11”提前了,10月21日零点天猫“双11”的大幕正式拉开,各大品牌商旗舰店、直播间都纷纷开启预售。当天,头部主播李佳琦和薇娅的直播间更是热闹非凡,两人直播间预估GMV(成交总额)近80亿元。不过,就在预售商品还未发货时,第三方闲置平台闲鱼上就出现了很多转手、拼单“双11”预售商品的信息。“双...