计算FPKM,并保存文件: ma_fpkm <- t(do.call( rbind, lapply(1:length(total_count), function(i){ 10^9*ma[,i]/lengths/total_count[i] #lengths向量自动遍历 }) )) ma_fpkm[1:4,1:4] #[,1] [,2] [,3] [,4] #ENSG00000000003 0.01340093 0.000000 0.000000 0.01021143 #ENSG00000000005 0.00...
FPKM计算的公式如下: FPKM = (10^9 * C) / (N * L) 其中,C表示某个基因的测序片段数,N表示总的比对到基因组的测序片段数,L表示基因的长度(以千碱基为单位)。FPKM的单位为每千碱基对应的转录本数。 FPKM计算的原理是基于RPKM(Reads Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)方法的改进。RPK...
如果是双端测序,那么一条fragments就对应两条reads,当然,有时候双端测序也有可能出现一条fragment对应一条read(另外一条read有可能会因为质量低而被剔除),FPKM就保证了,一条fragment的两条reads不会被统计2次,如下所示: FPKM是以fragment为准,而不是以reads数为准,它们的计算方式是一样的。 RPM 「定义:」RPM/C...
可以先计算出基因长度占总有效基因长度(所有基因长度之和,按照每千碱基计算)的比例,以及该基因的读段数占总读段数的比例,然后通过比例关系计算FPKM。 -技巧:先计算出所有基因长度总和(L_{total})(换算成千碱基),基因A的长度占比为(frac{L}{L_{total}})((L)为基因A的长度,换算成千碱基),读段数占比为(...
预览播放中,打开优酷APP看高清完整版 FPKM定义及计算 +追 超清画质 评论 收藏 下载 分享 选集 02:41 序列比对 2016-06-02 02:08 基因功能注释 2016-06-02 04:47 GO注释 2016-06-02 02:33 Nr:Nt数据库注释 2016-06-02 02:25 百迈客云工具使用指南-基因功能注释 2016-06-02 01:06 Pfam注释 2016-06...
FPKM是将Map到基因的Fragments数除以Map到Genome的所有Read数(以Million为单位)与RNA的长度(以KB为单位)。适用于单端和双端测序。 它们2者的不同: 在single-end(单端测序)测序中,FPKM将read当做fragment计算,此时FPKM和RPKM是相同的。 而在pair-end(双端测序)测序 中, 若一堆paired-read 都比对上了,当做一个...
使用R语言计算FPKM值的步骤如下: 1. 加载基因表达量数据和基因长度信息,建立基因计数矩阵。 2. 根据上述矩阵,再建立一个表达矩阵,其中包括每个基因的长度、library大小等信息。 3. 获取每个样品中的总reads数目,计算每个基因的TPM值(Transcripts Per Million)。 4. 将每个基因的TPM值除以它的长度(以kb为单位),...
计算方式为: RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads 计算方式为和FPKM的类类似,区别在于RPKM用于单末端测序,而FPKM用于双末端测序。在进行二代测序时,会将所有的DNA打断称为片段,然后再去测序。单末端测序时,一个片段对应一个Read,但是双末端测序时,一个片段会从两端分别测定一次,因此...