ucsc xena是一种捷好用的TCGA数据下载平台,上面囊括了所有的TCGA数据,可以非常方便下载,其中的转录组数据通常有以下几种形式,count,fpkm,fpkm-uq,那很多小伙伴不知道他们之间到底有什么区别,以后分析的时…
FPKM-UQ是一种更加稳健的基因表达量化方法,特别适合于处理有大量高表达基因或表达差异大的数据。 # 计算FPKMcomputeFPKM<-function(counts,lengths){mappedReads=sum(counts)geneLengthsKb=lengths/1000fpkm=(counts/geneLengthsKb)/(mappedReads/1e6)return(fpkm)}# 计算FPKM-UQcomputeFPKM_UQ<-function(fpkm){upper...
第二步:FPKM 和 FPKM-UQ 的区别: FPKM=RiR100∗Li∗109 FPKMUQ=RiR75∗Li∗109 where, R_i 指的是align到基因i的reads数,R_100 指的是align到所有编码基因的reads数,R_75 指的是align到75%分位的编码基因的reads数(我估计是按照reads数排列),Li 指基因i的长度 两者的唯一差别在于分母校正的不同...
FPKM-UQ = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67 那么我们一般下载那种数据比较好呢? 如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数。 如果是计算样品间的相关性,聚类等,那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-UQ。当然下载counts,之后进行标准化,也是可...
FPKM-UQ = (1,000)*(10^9)/[(3,000)*(2,000)] = 166,666.67 那么我们一般下载那种数据比较好呢? 如果是做差异分析的话,我建议采用counts ,毕竟有不少的差异分析的软件都是基于counts数。 如果是计算样品间的相关性,聚类等,那就可以采用均一化的FPKM,和FPKM-UQ。当然下载counts,之后进行标准化,也是可...
mkmrirpnaxuqfpkmupsi 58 0 2023-11-16 01:02:03 未经作者授权,禁止转载 您当前的浏览器不支持 HTML5 播放器 请更换浏览器再试试哦~点赞 投币 收藏 分享崩坏:星穹铁道创作者激励计划 游戏 网络游戏我叫张小勇说 发消息 接下来播放 自动连播 【轻星铁】救命!我又变成狗了!!! 赤风NK 6.5万 192 爷:好...
[中国新闻]李克强签署国务院令公布《国务院关于修改《疫苗流通和预防接种管理条例》的决定》2016-04-25 21:11:16 [中国新闻]李克强签署国务院令公布《国务院关于修改《疫苗流通和预防接种管理条例》的决定》2016-04-25 20:09:16 [中国新闻]特技飞行世锦赛奥地利站比赛结束2016-04-25 19:37:14 [中国新闻]东京奥运会...
人生·消炎生肌膏 20g/支/盒 人生·消炎生肌膏 20g/支/盒 药师简介 使用须知 该药用几天伤口会愈合 消炎生肌膏的用法用量为:外用,摊于纱布上贴敷患处,每隔一至二日换药1次。关于使用消炎生肌膏后伤口几天会愈合的问题,需要根据伤口的大小、深度、位置以及个体差异等因素来具体评估。一般来说,浅表性...
好评5.0 接诊量6.7千 同行认可99 从业29年 服务态度好 专业有效 耐心细致 问题描述:你好医生,白细泡高,要输液吗,鼻子不通气(女,28) 分析及建议: 应该是哌拉西林,抗生素,一类药,如果面诊排除新冠,考虑是上火感冒以后引起的鼻腔感染(例如鼻窦炎,感冒鼻窦炎都会引起头疼,可以自己买个洗鼻器温生理盐水冲洗鼻腔。