fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 fold change。当expr(A)...
fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 fold change。 当expr(A...
接下来就是如何根据阈值筛选差异基因: 一般的原则是使用差异倍数|Fold Change|≥2即|log2FC|>1且FDR<0.05或P<0.05这两个指标进行筛选,其中需要说明的是,Fold Change的绝对值越大,与此同时差异倍数也就越大,FDR值或P<0.05越小差异越显著,这个筛选标准文章也是比较认可的。这里提供一篇文章[1]做参考,链接为: ...
Differentially expressed gene (DEG)：差异表达基因 Volcano Plot：⽕⼭图 差异倍数(fold change)fold change翻译过来就是倍数变化，假设A基因表达值为1，B表达值为3，那么B的表达就是A的3倍。⼀般我们都⽤count、TPM或FPKM来衡量基因表达⽔平，所以基因表达值肯定是⾮负数，那么fold change的取值就是(0...
（1）FC——fold change（差异倍数） 一般以2倍作为标准 （2）横轴为log2FC——以2为底差异倍数的对数（有时变异倍数为十几倍甚至几十倍不好表示，所以取对数）（3）两条竖虚线分别为X=-1和X=1 X=1时表示该基因差异倍数为2 （4）横虚线 Y=1.30，即-log10(0.05)——定义显著性的P值为0.05时...
差异倍数(fold change) fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 ...
差异倍数(fold change) fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 ...
简介: 差异基因分析:fold change(差异倍数), P-value(差异的显著性) 做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。 Q-value,...
差异分析 基因的差异表达,即发现一组在正常样本和患病样本中表达不同的基因。 差异基因的筛选方法 1、倍数变化(fold change) 最简单的是阈值法,用倍数分析基因表达水平差异,即计算基因在两个条件下表达水平的比值(癌症和正常),确定比值的阈值,将绝对值大于此阈值的基因判断为差异基因。
Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。 Q-value,是P-value校正值,P值是统计差异的显著性的。Q值比P值更严格的一种统计。 p-value 就是 t-test 来的: 参考: https://www.cnblog...