虽然大家都在用log2 fold change,但显然也是有缺点的:一、到底是5到10的变化大,还是100到120的变化大?二、5到10可能是由于技术误差导致的。所以当基因总的表达值很低时,log2 fold change的可信度就低了,尤其是在接近0的时候。A disadvantage and serious risk of using fold change in this setting is that...
fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 fold change。当expr(A)...
1)坐标轴:横轴是log2(Fold change),显示差异倍数(FC),点越偏离中心,表示差异倍数越大;纵轴是-log 10 (adj. p-value),显示显著性,点越靠图的顶部,表示差异越显著;2)点:图中每个点代表一个检测到的基因(或蛋白、代谢物等),图中这些点分别具有不同颜色,颜色的意义可以参考图片右侧的图例:...
fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 fold change。当expr(A)...
差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA以及基因的方法,目前也有很多差异表达分析的方法,但比较简单也比较常用的是Fold change方法。 它的优点是计算简单直观,缺点是没有考虑到差异表达的统计显著性;通常以2倍差异为阈值,判断基因是否差异表达。Fold change的计算公式如下: ...
差异倍数(fold change)fold change翻译过来就是倍数变化，假设A基因表达值为1，B表达值为3，那么B的表达就是A的3倍。⼀般我们都⽤count、TPM或FPKM来衡量基因表达⽔平，所以基因表达值肯定是⾮负数，那么fold change的取值就是(0, +∞).为什么我们经常看到差异基因⾥负数代表下调、正数代表上调？因为我们...
fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 fold change。当expr(A)...
差异倍数(fold change) fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 ...
差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA以及基因的方法,目前也有很多差异表达分析的方法,但比较简单也比较常用的是Fold change方法。 它的优点是计算简单直观,缺点是没有考虑到差异表达的统计显著性;通常以2倍差异为阈值,判断基因是否差异表达。Fold change的计算公式如下: 即用疾病样本的表达均值除以正常样本的表...
fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 fold change。当expr(A)...