（1）FC——fold change（差异倍数） 一般以2倍作为标准 （2）横轴为log2FC——以2为底差异倍数的对数（有时变异倍数为十几倍甚至几十倍不好表示，所以取对数）（3）两条竖虚线分别为X=-1和X=1 X=1时表示该基因差异倍数为2 （4）横虚线 Y=1.30，即-log10(0.05)——定义显著性的P值为0.05时...
尤其是在做转录组分析时,因为转录组分析时会遇到一个样本中有多个转录本的情况,在对每个转录本进行检验时容易增加假阳性比率。 接下来就是如何根据阈值筛选差异基因: 一般的原则是使用差异倍数|Fold Change|≥2即|log2FC|>1且FDR<0.05或P<0.05这两个指标进行筛选,其中需要说明的是,Fold Change的绝对值越大,与...
fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是非负数,那么fold change的取值就是(0, +∞). 为什么我们经常看到差异基因里负数代表下调、正数代表上调?因为我们用了log2 fold change。当expr(A)...
Differential gene expression analysis：差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG)：差异表达基因 Volcano Plot：⽕⼭图 差异倍数(fold change)fold change翻译过来就是倍数变化，假设A基因表达值为1，B表达值为3，那么B的表达就是A的3倍。⼀般我们都⽤count、TPM或FPKM来衡量基因表达⽔平，所以...
差异表达分析是目前比较常用的识别疾病相关miRNA以及基因的方法,目前也有很多差异表达分析的方法,但比较简单也比较常用的是Fold change方法。 它的优点是计算简单直观,缺点是没有考虑到差异表达的统计显著性;通常以2倍差异为阈值,判断基因是否差异表达。Fold change的计算公式如下: ...
Differential gene expression analysis:差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG):差异表达基因 Volcano Plot:火山图 差异倍数(fold change) fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是...
Differential gene expression analysis:差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG):差异表达基因 Volcano Plot:火山图 差异倍数(fold change) fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是...
[1] 根据上面探针对应基因后的表达谱用FC和t-test进行差异表达分析 [2] 设定不同的阈值,|logFC|<1,2 p<0.1,0.01,0.05,0.001,分别得到差异基因个数 [3] 比较三种方法,利用Venn图展示出来(|logFC|<2,p<0.1) [4] 画火山图,将差异基因可视化(y:log2FC,x:adjust_p) ...
在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距。 Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in ...
Differential gene expression analysis:差异表达基因分析 Differentially expressed gene (DEG):差异表达基因 Volcano Plot:火山图 差异倍数(fold change) fold change翻译过来就是倍数变化,假设A基因表达值为1,B表达值为3,那么B的表达就是A的3倍。一般我们都用count、TPM或FPKM来衡量基因表达水平,所以基因表达值肯定是...