这两篇文章都于2022年5月30日发布在Nature Biotechnology上,提出了两种新的全长单细胞RNA测序方法,其中Smart-seq3xpress是基于近期的Smart-seq3进行的小型化和简化改进,能够减少试剂的使用并提高通量。而FLASH-seq则是基于Smart-seq2进行...
Smart-seq2 (SS2) (SS2),由使用模板转换逆转录酶(RT)的初始逆转录反应组成,如小鼠Moloney白血病病毒(MMLV)酶,该酶在cDNA的5 '端添加一个已知序列,然后通过聚合酶链反应 (PCR) 扩增全长 cDNA,最后片段化并添加测序接头,整个工作流程中,单个细胞在 PCR 板的不同孔中进行处理。作者对SS2的几个关键点进行了修改。
We present FLASH-seq (FS), a full-length single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) method with increased sensitivity and reduced hands-on time compared to Smart-seq3. The entire FS protocol can be performed in ~4.5 hours, is simple to automate and can be
为此,研究人员开发出一种名为FLASH-seq的单细胞RNA测序新方法。与Smart-seq3相比,它具有更高的灵敏度和更短的手动操作时间。整个操作可在约4.5小时内完成,易于自动化,并且可以轻松缩小规模,以减少资源消耗。 他们指出,FLASH-seq方法与其他方法相比节省2-3.5小时,并能够在HEK293T细胞中检测到更多基因。这种灵敏度的...
3.3 seq 并行不是V2特有 3.4 FWD和BWD过程中的thread block划分 四、Warp级别并行 五、参考 在V1的讲解中,我们通过详细的图解和公式推导,一起学习了Flash Attention的整体运作流程。如果大家理解了V1的这块内容,就会发现V2的原理其实非常简单:无非是将V1计算逻辑中的内外循环相互交换,以此减少在shared memory上的读...
•抽象型细化器则采用seq2seq模型直接对检索文本进行总结,支持如RECOMP这样的专用模型,以及HuggingFace提供的具有相似结构的通用摘要模型。 • 还支持使用基于困惑度的LLMLingua细化器和选择性上下文细化器。 2.1.5 生成器(Generator) 生成器是RAG流程中的最后一个组件,在FlashRAG的工具包中得到了全面的支持。在生成...
nn.Module): def __init__(self, H, seqlen): self.k = torch.nn.Parameter(torch.randn(H, seqlen, dtype=torch.float32)) ... def forward(self, x): return self.flashfftconv(x, self.k) # self.flashfftconv comes from the wrapper model!
Abstractive RefinerRefine input through seq2seq model LLMLingua RefinerLLMLingua-seriesprompt compressor SelectiveContext RefinerSelective-Contextprompt compressor KG RefinerUse Trace method to construct a knowledge graph GeneratorEncoder-Decoder GeneratorEncoder-Decoder model, supportingFusion-in-Decoder (FiD) ...
SEQ1M|Q8T1表示顺序读写，位深1024K，1线程8队列的测试速度 SEQ1M|Q1T1表示顺序读写，位深1024K，1线程1队列测试速度 RND4K|Q32T16表示随机读写，位深10244K，16线程32队列的测试速度 RND4K|Q1T1表示随机读写，位深10244K，一线程一队列的测试速度 那么由于CSNP1GCR01-AOW是512M的，那么就统一使用256M的...
首先要说的是,并不是所有的分析都需要将双末端测序序列拼接,比如转录组就不需要,拼接最常见的是扩增子测序。 为什么要进行拼接?因为二代测序是将DNA或RNA打成特定长度的片段,比如300-400bp,而二代测序只能测特定长度,比如150nt,超过这一长度,测序质量就会下降的很严重,基本没有意义了。但是还有150-200bp没有测...