FeaturePlot()是首选,然后12个samples挤在一起,根本看不到图,只呈现x-y轴和挤在一起的title。于是我用了ncol 参数,但是这个参数在featurePlot() 根本无效。这里需要make一下,出现这样的问题还是应该去Seurat官网找寻说明书。。。。在浪费一些时间之后,我发现了有团队推出了FeaturePlot_scCustom() fu
(2)scCustomize 修改 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 p11<-FeaturePlot_scCustom(seurat_object=sce2,features="CD3D")p22<-FeaturePlot_scCustom(seurat_object=sce2,features="CD3D",colors_use=brewer.pal(11,name="RdBu"),order=T)p11+p22 这里cols参数是没有问题的。 2 ,多基因共...
注意左下p3 ,legend是有问题的,会随col参数中brewer.pal(10, name = "RdBu")中的10的数值而变动。 修改大小的话很简单,直接调整 pt.size = 1 即可,此处不做演示。 (2)scCustomize 修改 p11 <- FeaturePlot_scCustom(seurat_object = sce2, features = "CD3D") p22 <- FeaturePlot_scCustom(seurat_ob...
First of all, thanks for the great package! I have observed a bug that did't always appear, so I wan't sure what the issue was at first. But I have a reproducible example here now. When using FeaturePlot_scCustom along with the split.by ...
FeaturePlot_scCustom(seurat_object = pbmc, features ="CD3D") na_color及na_cutoff参数 在FeaturePlot中,非表达细胞与低表达细胞使用相同的颜色尺度,这可能使得区分低表达细胞与非表达细胞变得困难。 scCustomize通过提供na_color参数来设置低于下限的点的颜色 ...
Featureplot是一个在单细胞转录组相关的文章中出场频率很高的一个图,比如下面的这个图1。但是在多基因共表达的方面,FeaturePlot只能支持两个基因,因此,我们想整理一篇多元化Featureplot推文,使用FeaturePlot,ggplot,scCustomize等方法,来满足单基因或多基因共表达的需求,可以看看哦。
FeaturePlot_scCustom(seurat_object = pbmc, features ="CD3D") na_color及na_cutoff参数 在FeaturePlot中,非表达细胞与低表达细胞使用相同的颜色尺度,这可能使得区分低表达细胞与非表达细胞变得困难。 scCustomize通过提供na_color参数来设置低于下限的点的颜色 ...
Featureplot是一个在单细胞转录组相关的文章中出场频率很高的一个图,比如下面的这个图1。但是在多基因共表达的方面,FeaturePlot只能支持两个基因,因此,我们想整理一篇多元化Featureplot推文,使用FeaturePlot,ggplot,scCustomize等方法,来满足单基因或多基因共表达的需求,可以看看哦。
p22 <- FeaturePlot_scCustom(seurat_object = sce2, features ="CD3D", colors_use = brewer.pal(11, name ="RdBu"),order = T) p11 + p22 这里cols参数是没有问题的。 2 ,多基因共“表达” 单个基因就按照上面的方法直接绘制即可,如果想同时显示2个基因呢?
p22 <- FeaturePlot_scCustom(seurat_object = sce2, features ="CD3D", colors_use = brewer.pal(11, name ="RdBu"),order = T) p11 + p22 这里cols参数是没有问题的。 2 ,多基因共“表达” 单个基因就按照上面的方法直接绘制即可,如果想同时显示2个基因呢?