在macOS或Linux上,你可以打开“终端”。 输入安装命令: 在终端或命令提示符中,输入以下命令来安装featurecounts: bash conda install -c bioconda featurecounts 这里,-c bioconda 指定了从Bioconda频道安装featurecounts,因为Bioconda是专门为生物信息学软件提供conda包的频道。 确认安装过程中的选项: 在安装过程中,cond...
一、软件安装 使用conda安装 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 conda install featureCounts 二、输入数据 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 1、输入的数据有两类,一类是SAM/BAM文件,另一类是GTF/GFF/SAF,其中SAM/BAM可以输入一个或多个 2、SAM/BAM文件和...
从它的第七种情况看出来:它没有办法解决基于转录本的定量,转录本存在可变剪接,这种overlap的情况很容易出现。 安装Htseq-count conda install htseq htseq-count -h #查看是否安装成功 调用Htseq-count htseq-count -f bam -r pos --max-reads-in-buffer 1000000 \ --stranded no --minaqual 10 --type ...
使用conda创建rna小环境: 代码如下: conda create -n rna conda activate rna conda install -y trim-galore # python-3.7.9 | 57.3 MB, openjdk-10.0.2 | 189.2 MB conda install -y star hisat2 bowtie2 # 没有其它依赖 conda install -y subread bedtools deeptools conda install -y salmon=1.4.0...
脚本依赖安装 其中r-base为4.1.3版本。需要注意这里使用的是r-argparser,别装错了。 conda install -c conda-forge r-argparser#0.7conda install -c conda-forge r-tidyverse conda install -c bioconda bioconductor-edger#用了rpkm()函数算的FPKM
anaconda是包管理工具,可以将软件作为其包进行安装管理,并且可以设置多个环境,方便不同依赖环境的软件在同一台机器安装。安装anaconda方法见网上教程。 流程所需要软件:Use conda search software before conda install conda install -c bioconda fastqc --yes conda install -c bioconda trim-galore --yes conda ...
conda install -c bioconda gffread # 安装软件 gffread genome.gff3 -T -o genome.gtf # gff与gtf转化 在解决这个问题的过程中,学到的最关键的方法就是: 如果在网上搜索了个把小时,依旧没有搜到想要的答案,就可以停下来,问一问同行和前辈,这样会更高效且能打开思路!
conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf#gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtffeatureCounts-f-O -p -T4-F GTF \-aok.gtf \ -o test.txt ../star/SRR2016941.bam ...
conda activate rna gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/gencode.v32.annotation.gtf #gtf=/home/yb77613/biosoft/Subread_to_DEXSeq/out_gv32.gtf featureCounts -f -O -p -T 4 -F GTF \ -a ok.gtf \ -o test.txt ../star/SRR2016941.bam ...
featureCounts 需要两个输入文件: 1.比对产生的BAM/ SAM文件 2.区间注释文件(GTF格式,SAF格式) 使用featureCounts对bam文件进行定量具体流程 cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts ## 定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir...