FASTX-Toolkit 最初是由 Hannon Lab 开发的一个为处理高通量测序数据(尤其是从 Illumina 测序平台获得的数据)设计的软件包。这个工具包包含了一系列命令行工具,用于对 FASTA 和 FASTQ 文件进行预处理操作,如质量控制、数据过滤、数据转换等。其特性包括:
fastx_toolkit/install_galaxy_files.sh Go to file Copy path agordonGalaxy install script: copy the shell script, too. Latest commitf61d55dAug 10, 2009History 1contributor executable file123 lines (92 sloc)3.29 KB RawBlame #!/bin/sh
我需要其中的fastx-clipper,从官网下载http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html最新版本的软件 用tar -jzf进行解压缩,解压缩之后,在文件夹中阅读README 得到提示: 那就安装gcc https://blog.csdn.net/xiaogugood/article/details/18400761 sudo apt-get install build-essential gcc--version gcc安装...
// Install fastx-toolkit // $ wget http://cancan.cshl.edu/labmembers/gordon/files/fastx_toolkit-0.0.12.tar.bz2 $ tar -xjf fastx_toolkit-0.0.12.tar.bz2 $ cd fastx_toolkit-0.0.12 $ ./configure $ make $ sudo make install Sanity check: // // run fastx_uncollapser without full path...
FASTX-Toolkit 安装说明FASTX-Toolkit是一款对下一代测序数据预处理的软件。下载地址:http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html,由于我的电脑..
1. unpack fastx_toolkit-0.0.14-X-src.tar.xz 2. if you use setup to install this src package, it will be unpacked under /usr/src automatically % cd /usr/src % cygport ./fastx_toolkit-0.0.14-X.cygport all This will create: /usr/src/fastx_toolkit-0.0.14-X-src.tar.xz @@ -77...
一:安装 (1)安装libgtextutils (2)安装fastx-toolkit 二:报错解决 (1)编译libgtextutils-0.7时报错 (2)配置fastx-...
fastx_toolkit-0.0.14/src/fastx_clipper'make[2]: *** [all-recursive] Error 1make[2]: Leaving directory `/home/user01/software/fastx_toolkit-0.0.14/src'make[1]: *** [all-recursive]Error1make[1]: Leavingdirectory`/home/user01/software/fastx_toolkit-0.0.14'make: *** [all] Error 2...
Review Request: fastx_toolkit - Tools to process short-reads FASTA/FASTQ files Keywords: Status:CLOSED NEXTRELEASE Alias:None Product:Fedora Component:Package Review Version:rawhide Hardware:All OS:Linux Priority:medium Severity:medium Target Milestone:---...
conda install -c bioconda fastx_toolkit fastx_toolkit:过滤不合格序列 使用 参考 网站 博客 简介 http://not.farbox.com/post/fastx_toolkit#toc_1 中文 使用手册 https://www.jianshu.com/p/26762fcfb8f8 英文 使用手册 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/commandline.html ...