在NGS数据分析中,常常需要对fasta/fastq文件进行一些处理,fastx_toolkit是一款综合性的工具,提供了很多有用的功能,能够简单方便的处理序列文件。官网如下 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit 官网提供了二进制可执行文件,直接下载即可 wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fastx_toolkit...
下载地址:fastx_toolkit下载链接 wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2 tar xjvf fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2 使用 注意事项 fastx_toolkit由一系列的命令组成,每个命令提供一个实用的小功能。在使用时需要注意以下几...
在NGS数据分析中,常常需要对fasta/fastq文件进行一些处理,fastx_toolkit是一款综合性的工具,提供了很多有用的功能,能够简单方便的处理序列文件。官网如下 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit 官网提供了二进制可执行文件,直接下载即可 代码语言:javascript 复制 wget http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/fas...
我需要其中的fastx-clipper,从官网下载http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html最新版本的软件 用tar -jzf进行解压缩,解压缩之后,在文件夹中阅读README 得到提示: 那就安装gcc https://blog.csdn.net/xiaogugood/article/details/18400761 sudo apt-get install build-essential gcc--version gcc安装...
cd fastx_toolkit-0.0.14/./configure--prefix=/home/yjzhang/software/fastx_toolkit make make install ## make编译的时候遇到报错 fasta_formatter.cpp:105:9:error:thisstatement may fall through[-Werror=implicit-fallthrough=], ## 此时需要下载一个补丁文件,打补丁后再重新编译即可成功 ...
FASTX-Toolkit是一款对下一代测序数据预处理的软件。 下载地址:http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/download.html,由于我的电脑是 centos,选择centos,即有安装说明。 http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/install_centos.txt 先安装 Prerequisites:pkg-config,gcc,g++,wget ...
这一步是根据测序质量对低质量的read进行过滤,Rosalind推荐FASTX-Toolkit,这也是我最早使用的质控工具,但是在使用过程前,我们需要简单的判断下这个测序格式是Phred+33还是Phred+64。 grep 2 rosalind_filt_1_dataset.txt #有结果 grep X rosalind_filt_1_dataset.txt # 无结果 ...
1、samtools、bedtools、 fastx-toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 outline samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加bcftools 操作vcf/bcf文件(snp/indel calling)的工具 bedtools 操作bed文件(block feature annotation)的工具 fastx-toolkit 操作fasta/fastq文件的工具 samtools sam...
在NGS数据分析中,常常需要对fasta/fastq文件进行一些处理,fastx_toolkit是一款综合性的工具,提供了很多有用的功能,能够简单方便的处理序列文件。官网如下 http://hannonlab./fastx_toolkit 官网提供了二进制可执行文件,直接下载即可 wget http://hannonlab./fastx_toolkit/fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd...
Samtools、BEDTools、FASTX-Toolkit.ppt,Samtools、BEDTools、FASTX-Toolkit 北京大学 生命科学学院 叶永鑫 2011年5月23日 星期一 Outline Samtools 操作sam/bam文件(mapping)的工具 附加BCFtools 操作vcf/bcf文件(SNP/indel calling)的工具 BEDTools 操作bed文件(block fea