parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4 设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files --include-technical parallel-fastq-dump --split-files 这个还是参考...
fastq-dump --gzip -O /path/to/output/directory SRR547531.sra 这将生成一个压缩的FASTQ文件SRR547531.fastq.gz,并将其保存在指定的输出目录中。 确认转换成功: 转换完成后,你可以检查生成的FASTQ文件以确保转换成功。你可以使用文本编辑器或命令行工具(如head或tail)来查看文件内容。 请注意,fastq-dump命令在...
# 输出.gz fastq压缩文件 /pfastq-dump/bin/pfastq-dump \ --threads 8 --outdir ./ ./SRR349XXXX.sra \ --split-3 --gzip 生信软件文章推荐 生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视化工具 visNano 生信软件2 - 下游比对数据的统计工具 picard 生信软件3 - mapping比对bam文件质量评估工具 qualimap 生...
fastq-dump（gzip模式）：耗时8m35sfasterq-dump：无--gzip选项，结合多线程压缩工具pigz，耗时2m14sparallel-fastq-dump（gzip模式）：耗时1m1s接着，测试2.6GB的10X测序SRA文件：fastq-dump（gzip）：耗时38m23sfasterq-dump + pigz：耗时11m12sparallel-fastq-dump（gzip）：耗时4m2s由此可见，parallel...
~/sratoolkit/sratoolkit.2.3.2/bin/fastq-dump --split-spot --gzip xxxx.sra 报错信息: fastq-dump.2.3.2err:name not found while resolving tree within virtual file system module - failed to open 'xxxx.sra' 解决方法: 找不到xxx.sra,就给它全路径就可以了 ...
tar -xzvf pfastq-dump-0.1.6.tar.gz cd pfastq-dump-0.1.6/bin/ chmod +x pfastq-dump 003、调用测试 (base) [b20223040323@admin2 bin]$./pfastq-dump 004、拆分sra文件测试: [b20223040323@admin2 test7]$lsSRR1770413 [b20223040323@admin2 test7]$pfastq-dump --threads8--gzip --split-files...
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件, 详细介绍了fastq-dump的用法。虽然fastq-dump参数很多,而且一直被吐槽参数说明写的太差,但是如果真的要用起来其实也就是一行代码fastq-dump --gzip --split-3 --defline-qual '+' --defline-seq '@$ac-$si/$ri' SRRXXXXX| S
为了节省空间,我用了--gzip压缩,该文件名,用-A参数。 nohup ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 --gzip -A N61311_untreatedSRR1039508.sra & nohup ~/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.2.6.3-centos_linux64/bin/fastq-dump --split-3 --gzip -A N61311_...
SRR6232298.sra是一个PE测序结果,所以,需要--split-files参数可以将其分解为两个fastq文件。 如果不加该参数,则只有1个fastq文件(包含了两端测序的结果) ###二.批量拆解sra文件 ###1. 新建脚本文件nano fqdump.sh ###2. 输入以下脚本#!/bin/sh for i in *sra do echo $i fastq-dump --gzip --spli...
parallel-fastq-dump参数如下 (由于是直接依赖于fastq-dump命令,因此fastq-dump的参数也可使用,如--split-files、--gzip、--split-3等): 二、各命令处理SRA文件用时比较 1. 先测试处理一个450MB的单端测序SRA文件所用时间 ① fastq-dump (非--gzip模式) 用时:1m49s ...