analysis:cellranger聚类的结果 filtered_feature_bc_matrix:过滤后的单细胞表达矩阵(后续可以对接到seurat包) raw_feature_bc_matrix:过滤前的单细胞表达数据 possorted_genome_bam.bam:单细胞比对的bam文件,其中包含了每个reads的信息 web_summary.html:报告网页(单细胞定量后的报告,包括检测到的细胞数、基因数、UMI...
alevin_result<-data.table::fread(input="featureDump_alevin_result_20200929.txt")# 读入drop-seq protocol计数的矩阵p<-data.table::fread("./CH4-LN_hg38_gene_exon_tagged_CODING_UTR_INTRONIC.dge.txt.gz",data.table=F)# alevin计数到的细胞中有98%是在drop-seq protocol中的sum(alevin_result$CB%...
analysis:cellranger聚类的结果 filtered_feature_bc_matrix:过滤后的单细胞表达矩阵(后续可以对接到seurat包) raw_feature_bc_matrix:过滤前的单细胞表达数据 possorted_genome_bam.bam:单细胞比对的bam文件,其中包含了每个reads的信息 web_summary.html:报告网页(单细胞定量后的报告,包括检测到的细胞数、基因数、UMI...
后面想写一下直接从fq.gz到matrix的懒人脚本,但是暂时还没有学习怎么使用子命令对预处理,callpeak, count matrix等进行分步操作,先记录到这里吧...继续学习... atac-single.sh 脚本已上传到 github,欢迎交流~ atac-single.shgithub.com/wulisling/at本文使用 文章同步助手 同步 公众号原文 编辑于 2021...
4 基于count值进行差异表达分析 准备数据 参考基因组拟南芥基因组来源于 论文 The genetic and epigenetic landscape of the Arabidopsis centromeres。下载链接https://github.com/schatzlab/Col-CEN/tree/main/v1.2 只保留染色体序列,我使用Heliex这个工具对蛋白编码基因进行了注释,获得蛋白编码基因注释的gff格式文件 ...
Completeness: The tools provided by x.FASTQ allow for a complete workflow, from raw reads retrieval to count matrix generation. No bioinformatics skills required: Each x.FASTQ module comes with an --help option providing extensive documentation. The only requirement for the user is a basic knowled...
其中最重要的 filtered_feature_bc_matrix 文件夹里面的内容, 以及 web_summary.html 这个报表: 仍然是需要写一个代码: pro=tmp pro_folder=$HOME/$pro mkdir -p$pro_folder ls -lh$pro_folder mkdir -p$pro_folder/html ls */outs/web_summary.html |whilereadid;do(cp$id$pro_folder/html/${id%%/...
web_summary.html:这个是必须要看的,粗略浏览本次10x样本走cellranger count流程的运行质量 filtered_feature_bc_matrix.h5: Python读取表达量矩阵 已经得到表达量矩阵下一步走scanpy分析流程。 Reference 代码语言:shell 复制 https://mp.weixin.qq.com/s/3njDJlQjunWfGfdh-iMZNA ...
web_summary.html:这个是必须要看的,粗略浏览本次10x样本走cellranger count流程的运行质量 filtered_feature_bc_matrix.h5: Python读取表达量矩阵 已经得到表达量矩阵下一步走scanpy分析流程。 Reference https://mp.weixin.qq.com/s/3njDJlQjunWfGfdh-iMZNA ...
ify.sh.log输出文件可以参考生信技能树[https://mp.weixin.qq.com/s/VWUmJZnzT7m_7QDjxkbrJw]需要查看的文件web_summary.html:这个是必须要看的,粗略浏览本次10x样本走cellranger count流程的运行质量filtered_feature_bc_matrix.h5: Python读取表达量矩阵已经得到表达量矩阵下一步走scanpy分析流程。Referencehttps...