单细胞转录组数据和普通的bulk转录组还是不太一样,bulk结果一般就是R1、R2,很容易区分;10X单细胞数据比较特殊,它的测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。 这里我们在解压sra文件变成fastq文件的时候,使用了参数--split-files来输出3个fastq文件,但是它的文件名字并不是 R1和R2这样的格式,而前面的公众号推...
单细胞转录组数据和普通的bulk转录组还是不太一样,bulk结果一般就是R1、R2,很容易区分;10X单细胞数据比较特殊,它的测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。 这里我们在解压sra文件变成fastq文件的时候,使用了参数--split-files来输出3个fastq文件,但是它的文件名字并不是 R1和R2这样的格式,而前面的公众号推...
单细胞转录组数据和普通的bulk转录组还是不太一样,bulk结果一般就是R1、R2,很容易区分;10X单细胞数据比较特殊,它的测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。 这里我们在解压sra文件变成fastq文件的时候,使用了参数--split-files来输出3个fastq文件,但是它的文件名字并不是 R1和R2这样的格式,而前面的公众号推...
Illumina测序仪下机FASTQ命名为(NextSeq CN500下机数据为bcl格式,经过bcl2fastq转化后名称类似),例如: Samplexx_S53_L002_R1_001.fastq.gz Samplexx:样本名,与上机时在sampleSheet中填写的一致; S53:S后跟的数字与样本在sampleSheet中的顺序一致,从1开始; L002:L00*,lane编号; R1:R*,R1表示read1,R2表示read...
单细胞转录组数据和普通的bulk转录组还是不太一样,bulk结果一般就是R1、R2,很容易区分;10X单细胞数据比较特殊,它的测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。 这里我们在解压sra文件变成fastq文件的时候,使用了参数—split-files来输出3个fastq文件,但是它的文件名字并不是 R1和R2这样的格式,而前面的公众号推文...
也就是说, 前面的ENA数据库下载的10个fastq文件是远远不够的, 理论上是需要10个样品的R1,R2,I1的3个fastq文件形式,但是它ENA数据库仅仅是针对每个样品提供了R2这一个fastq文件,确实了另外两个文件。 所以我们需要从NCBI的SRA数据库下载,也是很简单的prefetch命令即可,最后下载的sra文件 如下所示: ...
单细胞转录组数据和普通的bulk转录组还是不太一样,bulk结果一般就是R1、R2,很容易区分;10X单细胞数据比较特殊,它的测序文库中包括index、barcode、UMI和测序reads。 这里我们在解压sra文件变成fastq文件的时候,使用了参数--split-files来输出3个fastq文件,但是它的文件名字并不是 R1和R2这样的格式,而前面的公众号推...
双端测序通常会产生两个FASTQ文件,分别对应正向(R1)和反向(R2)读取。确保你有这两个文件,例如sample_R1.fastq和sample_R2.fastq。 2. 安装并配置fastp软件 fastp是一个高效的FASTQ文件预处理工具,可以通过以下方式安装: 使用conda安装(推荐,因为可以管理依赖和版本): bash conda install -c bioconda fastp 从...
高通量测序之后用于下游分析的数据一般存储在FASTQ文件中。为了节省空间,又不影响下游使用,也一般用gzip压缩的格式。 单端测序每个文库只返回一个FASTQ文件,双端测序两个FASTQ文件,左端一般命名为_1或R1,右端命名为_2或R2。 假如样品名字为ehbio,双端测序三个重复。习惯命名为ehbio_1_1.fq.gz ehbio_1_2.fq.gz...
第四部分:R*,R1表示read1,R2表示read2。R1和R2为paired end reads。同一个样本的配对的FASTQ,只有这个地方不同 第五部分:001,通常为001 fastq格式 Each entry in a FASTQ file consists of four lines: • Sequence identifier • Sequence • Quality score identifier line (consisting of a +) ...