parallel-fastq-dump直接调用fastq-dump命令,所以使用起来差不多。 示例: parallel-fastq-dump --sra-id SRR2244401 --threads 4 --outdir out/ --split-files --gzip --threads 4设置线程为4 实测parallel-fastq-dump是最快的。 4 10X测序使用的参数 fastq-dump --split-files fasterq-dump --split-files...
对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。 # SRA数据下载,提前安装好prefetchnohup prefetch SRR3498212&/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -t8-O ./ ./SRR3498212.sra# 结果文件:SRR3498212.fastq 3. 双端数据拆分 # 输出.gz fastq压缩文件/pfastq-dump/bin/pfastq-dump\--threads8--outdir ./ ./SRR349XXXX...
--stout #直接把结果输出到屏幕上 别忘了加最后一个参数,就是数据名称 SRRxxxxxxxxxx 经典的代码是 fastq-dump --outdir file_name --gzip --skip-technical --readids --read-filter pass --dumpbase --split-files --clip SRR_ID 参考自https://edwards.sdsu.edu/research/fastq-dump...
fastq-dump用法 默认情况下fastq-dump不对reads进行拆分, 对于很早之前的单端测序没有出现问题.但是对于双端测序而言,就会把原本的两条reads合并成一个,后续分析必然会出错. 常见的参数有三类: 1.--split-spot: 将双端测序分为两份,但是都放在同一个文件中 2.--split-files: 将双端测序分为两份,放在不同的...
重点参数是-e|threads, 用于选择使用多少线程进行运行,默认是6个线程。 同时考虑到有些人容易着急,还提供了-p选项用于显示当前进度。 我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。 time fastq-dump --split-3 -OtestSRR5318040.sra# 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 to...
nohup fastq-dump --gzip --split-3 $f & done 其中主要使用的参数: –gzip:将生成的结果fastq文件进行压缩 –split-3:-3实际上指的是分成3个文件。 如果结果发现只有一个文件,说明数据不是双端(第三个文件太大会覆盖前两个); 如果结果有两个文件,说明是双端文件并且数据质量比较高(没有低质量的reads或...
将其转换为fastq格式。使用--split-3参数处理双端测序数据，并通过-o参数指定输出目录，例如/home/cyh/Desktop/fastq。了解fastq-dump命令的其他参数，通过-h参数查询详细信息。例如，将文件输出到其他指定目录时，加-o参数指定输出路径。通过上述步骤，可得到两个fastq文件，用于后续的FastQC质控分析。
可以先用fastq-dump -h看一下帮助文件,分为如下几个部分: 输入: -A|—accession 序列号 处理中: Read Splitting, Full Spot Filters, Common Filters, Filters based on alignments, Filters for individual reads。 基本都是些过滤参数。不太常用 输出: -O|—outdir 输出文件夹, -Z|—stdout 输出到标准输出...
fasterq-dump-e16--split-files-O~/tmpSRR1039510.sra 运行结果: spots read : 22,852,619 reads read : 45,705,238 reads written : 45,705,238 下面看一下成成的文件:已经解压成_1.fastq和 _2.fastq两个文件,大小都是6.1G。 代码语言:javascript ...