SRA文件大,prefetch下载慢,下载成功仍需转换为fastq格式,不如直接下载fastq文件,步骤少,操作简单。 EMBL-EBI数据库可以直接下载fastq文件,输入RUN编号查询即可 EMBL-EBI homepagewww.ebi.ac.uk/ 页面查询的方式比较适合单个数据下载,多个数据时直接使用代码批量获取 metadata.txt import pandas as pd import numpy ...
下载完成后,本地用fastq-dump提取fastq文件,用sam-dump提取SAM文件。 其次,如果上述方法不奏效,优先使用sratoolkit中的prefetch命令。 最后,使用sratoolkit中的fastq-dump和sam-dump命令下载,如果fastq-dump不稳定,推荐大家尝试Biostar Handbook中的wonderdump脚本。 警告:不要用wget或curl去下载sra文件,这会导致下载的文...
2.输入自己要下载的 图一 输入界面 3.结果界面 图二搜索结果 4.显示选项 图三 展示项 5.选择TSV 图四 下载TSV 6.下载TSV.txt文件 图五 下载的文件 7.处理删选只有fastq_ftp 那一栏的文件保存为download.txt 图六download.txt文件 8.写一个for循环脚本 ...
首先在ebi.ac.uk/arrayexpress网站里找到所需要的文件,这个网站最近有更新,地址为https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress/(建议从新网站下载,因为新网站可提供写好的Aspera下载脚本) 要下载的文件列表 勾选需要下载的文件,点击下载按钮后,选择 Download using Aspera 如果你从未安装过Aspera,这时候你有两个选...
fastq-dump运行时间较长,更推荐fasterq-dump。 补充:使用NCBI提供的SRA-toolkit直接下载SRR文件,并转换为FASTQ格式(数据小于20G) 选择单个样本或多个样本,点击Accession List 下载得到SRR_Acc_List.txt 可将SRR_Acc_List.txt下载到本地后上传至Linux,也可获取SRR_Acc_List.txt链接在Linux里直接下载 ...
通过昨天下载的TSV文件,我们得到了对应fastq文件的下载链接。接下来在Linux服务器上部署aspera并批量下载。 代码语言:linux 复制 #安装kingfisher #多次尝试,只有克隆github上的库可以成功运行,建议凌晨进行这一步(个人经验,此时网络较快) git clone https://github.com/wwood/kingfisher-download ...
ebi怎么复制fastq文件的下载路径如下1.方法一：找到并点击你需要复制的文件夹或文件，2.点击地址栏右边空白部分，右键后点击下拉菜单中复制，或者按控制键成Ctrl+C这样就完成了对文件/文件夹路径的复制。3.方法二：找到并点击你需要复制的文件夹或文件，右击文件夹，点击【属性】；4.可以看到文件夹的位置...
请问怎么从NCBI下..如题,有没有大神能指点一下上图点击下载后,能够在本地创建文件,然而那个下载文件永远都是0KB,想要的数据下不来
把fastq文件移动到同一个目录下 find . -typef -name"*.fastq.gz > fqs cat fqs | while read i do mv${i}fastqs done rm -rf human* rm fqs 重命名脚本 10X官网给指出来了文件名规则: [https://support./single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/fastq-input] ...
通过ncbi的run列表编号利用Aspera来下载fastq文件,通过EBI-ENA数据库,在这之前都是用ncbi的官方工具sratoolkit,使用prefetch下载,用着除了慢一点还挺简单方便的,但是在大批的sra文件下的话就显得力不从心了,之后为了快点就了解了Aspera,看着比http快得不是一点两点,简直是一个天上一个地下。后面了解到服务器用Aspera...