点击Download->Cart->GDC Data Transfer Tool选择适用自己的版本进行下载,这里选择Windows桌面版本的为例,下载安装 2. 准备下载好的Manifest文件,打开GDC Data Transfer Tool软件并导入Manifest,点击Select Manifest File,选中Manifest文件并导入,点击Download即可快速下载,下载路径在点击setting->Destination folder可查看 3.3...
该工具产生的原因是,TCGA中存储的测序数据文件,例如FASTQ和BAM文件,特别是全基因组的BAM文件有时可以达到200-300GB,所以需要一个稳定高效的数据下载和上传工具来处理数据库与用户之间的交互。 通过Cart直接下载的方式对小数据量比较适合,如果数据量过大或者网络状态不稳定,下载的时候会经常断掉,所以此时建议使用GDC Da...
Level 1: 原始的测序数据(fasta,fastq等) Level 2:比对好的bam文件 Level 3:为经过处理及标准化的数据 Level 1和Level 2文件很大,若要下载可使用官方提供的小工具:GDC Data Transfer Tool,然后自己重新比对来call mutation, 或者提取count data做差异表达分析(不适合懒人操作,且大多数人很难拿到权限,下面会说)...
该工具产生的原因是,TCGA中存储的测序数据文件,例如FASTQ和BAM文件,特别是全基因组的BAM文件有时可以达到200-300GB,所以需要一个稳定高效的数据下载和上传工具来处理数据库与用户之间的交互。 通过Cart直接下载的方式对小数据量比较适合,如果数据量过大或者网络状态不稳定,下载的时候会经常断掉,所以此时建议使用GDC Da...
level-1: 原始的测序数据(fasta,fastq等) level-2:比对好的bam文件 level-3:为经过处理及标准化的数据 (其中level1/2为controlled-access,level-3有部分是controlled-access,这一类型的需要向TCGA申请使用权限) level-1/2 比较糙,文件较大,若要下载需要使用官方提供的小工具:GDC Data Transfer Tool, 需要自己...
Level 1: 原始的测序数据(fasta,fastq等) Level 2:比对好的bam文件 Level 3:为经过处理及标准化的数据 Level 1和Level 2文件很大,若要下载可使用官方提供的小工具:GDC Data Transfer Tool,然后自己重新比对来call mutation,或者提取count data做差异表达分析(不适合懒人操作,且大多数人很难拿到权限,下面会说)。
但是最近收到学员的反应,TCGA的maf文件开始控制下载了,下面是提问详情: 非常久之前,整个TCGA数据库的全部数据都是提供下载的,包括fastq,bam,vcf, 但是呢,后来因为保护病人隐私,就只开放maf格式的somatic突变数据下载。学员在下载全部TCGA数据库的maf的时候,突然间发现,受限制了: 我仔细查看了其更新说明:docs.gdc.can...
8.其他,二代测序转录组数据自主分析、NCBI数据上传、二代fastq测序数据解读、 9.全部课程可点击:组学大讲堂视频课程 发表于 2019-10-24 17:38 阅读( 6610 ) 分类:TCGA 0 推荐 打赏 收藏 你可能感兴趣的文章 gdc-client 下载TCGA数据 报错 RROR: {"message":"Your token is invalid or expired. Please get...
Level 1: 原始的测序数据(fasta,fastq等) Level 2:比对好的bam文件 Level 3:为经过处理及标准化的数据 2.如何寻找数据: 2.1 如何进入Project 如图1所示,点击以下五个标注的地方都可以找到自己需要的Project。1会把所有的Project全部列出,然后点击自己需要的ProjectID;2会列出所有的case,在左侧的导航栏可以选择自己...
TCGA的maf文件开始控制下载了 大家都知道maf文件记录着肿瘤患者的somatic突变情况,通常我们可以根据这个信息来在同一个肿瘤内部进行分组挖掘数据,比如: 如果你还不了解maf格式,请看:https://docs.gdc.cancer.gov/Data/File_Formats/MAF_Format/ 非常久之前,整个TCGA数据库的全部数据都是提供下载的,包括fastq,bam,vcf...