使用平台:HiSeq2000,HiSeq 2500,HiSeq4000,HiSeqXTen,Zebra 测序策略:PE/SE --Filter模块功能: filter : 最常用。过滤RNA-seq、RNA-ref、BS、MeDIP、CHIP、RNAdenovo以及DNA测序产生的下机fastq原始数据。 参数详情 -E, --mode STR 如果数据储存在SSD(硬盘)里的,使用这个参数可以加速。 -1, --fq1 FILE...
fastp程序默认执行长度过滤,使用-L或--disable_length_filtering禁用。使用-l或--length_required选项设定允许的最小长度,使用--length_limit选项设定允许的最大长度(小RNA测序),默认值0,即无限制。 (3)低复杂度过滤 fastp程序默认不执行低复杂度过滤,使用-y或--low_complexity_filter选项启用。复杂度是指一条序列...
machine-learningrna-seqmultiqcfastqrna-seq-analysiscircrnafastq-dumpcircrna-predictionfastqcrna-seq-pipelinefastprna-seq-classification UpdatedSep 19, 2018 HTML The repository contains a comprehensive pipeline for genome assembly and quality assessment, designed for genomic data analysis. It integrates various...
For some applications like small RNA sequencing, you may want to discard the long reads. You can specify --length_limit to discard the reads longer than length_limit. The default value 0 means no limitation.low complexity filterLow complexity filter is disabled by default, and you can enable...
#本教程部分参考B站15天入门生物信息教程,在开启以下教程前,请务必看看我前面两个教程,Linux系统上安装R语言(https://www.bilibili.com/read/cv24718269)和下载好转录组(https://www.bilibili.com/read/cv24719254)。 #1,我们对上次下载的转录组进行实战分析,首先进行质量控制,使用fastp软件。
需要注意的是,对于某些类型的测序数据(如RNA-seq和16S测序),duplication可能并不是由于PCR过程中的错误造成的,而是反映了生物样本中某些序列的真实丰度。因此,在去除duplication之前,你应该仔细考虑这一操作是否适用于你的具体应用场景。 此外,fastp在处理大量数据时可能会消耗较多的内存和时间,因此在实际应用中,你可能需...
trim polyG in 3' ends, which is commonly seen in NovaSeq/NextSeq data. Trim polyX in 3' ends to remove unwanted polyX tailing (i.e. polyA tailing for mRNA-Seq data) preprocess unique molecular identifier (UMI) enabled data, shift UMI to sequence name. ...
02_创建一个环境并在该环境中用conda安装多个软件20210123 1577 -- 9:19 App 04_1条命令下载RNA_Seq数据(上)_20210126 3281 4 11:23 App 【技能21】安装BiocManger包_20210706 2992 1 6:16 App 16_建立索引_20210202 980 -- 18:38 App 11mamba安装软件报错_尝试解决(下)_20210404 2065 -- 24:...
原因找到了,数据可能是把双端测序的结果保存在同一个fastq文件里了(感兴趣的可以搜索interleaved fastq file)。做seq之前需要把数据分开,具体的指令为: cat input.fastq|paste---|tee|cut-f1-4|tr"\t""\n"|egrep-v'^$'>R1.fastq cat input.fastq|paste---|tee|cut-f5-8|tr"\t""\n"|egrep-v'^...
案例一:RNA-Seq 数据处理 在一项 RNA-Seq 实验中,研究人员使用 fastp 对数据进行了质量控制,过滤掉了低质量的读段,显著提高了后续数据分析的准确性【1】。通过 fastp 自动化的接头检测和质量过滤,大大节省了手动参数优化的时间。 案例二:临床测序应用