-x, --trim_poly_x enable polyX trimming in 3' ends. --poly_x_min_len the minimum length to detect polyX in the read tail. 10 by default. (int [=10]) -5, --cut_front move a sliding window from front (5') to tail, drop the bases in the window if its mean quality < thr...
wget http://opengene.org/fastp/fastp chmod a+x ./fastp (3)如果以上两种方式你都失败了,可以尝试用源码编译(这种是最容易失败的) ### 安装isal库### # 抓取源码: git clone https://github.com/intel/isa-l.git cd isa-l # 配置环境: ./autogen.sh ./configure --prefix=/usr --libdir=/usr...
(2)当然你也可以自己下载二进制的可执行文件: wget http://opengene.org/fastp/fastpchmod a+x ./fastp (3)如果以上两种方式你都失败了,可以尝试用源码编译(这种是最容易失败的) ### 安装isal库 ### # 抓取源码: git clone https://github.com/intel/isa-l.git cd isa-l # 配置环境: ./autogen.sh...
fastp支持从reads的3’端和5’端去除固定个数的碱基,对于单端数据,-f指定从5’端去除的碱基数,-t指定从3’端去除的碱基数;对于双端数据,用-f和-F参数分别指定R1序列5’端去除的碱基数,用-t和-T参数分别指定R2序列3’端去除的碱基数。 6. 去除polyG/polyX fastp支持去除序列3’端的尾巴,只有对于NextSeq/...
-x, --polyX 启用去除polyX(polyA, polyT, polyC, polyG),若同时设置--trim_poly_g和--ployX,则先进行ployG尾巴去重,再进行ployX(这样设置有助于ployA尾巴在G尾巴之前时,去重ployA尾巴[常见于mRNA-Seq])。 PE数据的碱基校正 fastp通过overlap进行分析,如果找到合适的overlap,当overlap区域的两个错配碱基...
5.polyX 如果3'端存在 polyX(如 mRNA-Seq 数据中的 polyA),可以剪切掉。 完成了剪切,下面就是过滤了。 1.质量过滤 对于低质量 reads,应直接丢弃,有如下方式: 按低质量碱基占 read 的比例,如达到 40%,则过滤掉,当然需要先定义低质量碱基的阈值,如 phred quality < Q15 ...
chmod a+x ./fastp#or download specified version, i.e. fastp v0.23.4wget http://opengene.org/fastp/fastp.0.23.4 mv fastp.0.23.4 fastp chmod a+x ./fastp or compile from source fastpdepends onlibdeflateandlibisal, whilelibisalis not compatible with gcc 4.8. If you use gcc 4.8, your ...
chmod a+x./fastp (3)如果以上两种方式你都失败了,可以尝试用源码编译(这种是最容易失败的) ### 安装isal库 ### # 抓取源码: git clone https://github.com/intel/isa-l.git cd isa-l # 配置环境: ./autogen.sh ./configure --prefix=/usr --libdir=/usr/lib64 ...
6. 去除polyG/polyX fastp支持去除序列3’端的尾巴,只有对于NextSeq/NovsSeq的数据,fastp会自动去除polyG尾,--poly_g_min_len指定ployG的最小长度,-g参数强制对所有数据去除polyG尾,-G参数禁止去除polyG尾。默认情况下,fastp不会去除polyX尾,可以添...
fastp v0.23.4 wget http://opengene.org/fastp/fastp.0.23.4 mv fastp.0.23.4 fastp chmod a+x ./fastpor compile from sourcefastp depends on libdeflate and libisal, while libisal is not compatible with gcc 4.8. If you use gcc 4.8, your fastp will fail to run. Please upgrade your gcc ...