下载方法选的是aws-http 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载格式默认选择为sra 需要制定参数-f sra 想的是后续再单独转成fastq格式 下载完成后转化fastq格式还是有问题,使用fasterq-dump命令有时候可以成功,但是有时候就会卡住,卡住后按ctrl+c命令...
我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。 time fastq-dump --split-3 -O test SRR5318040.sra # 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 total time fasterq-dump --split-3 SRR5318040.sra -e 20 -o SRR5318040 # 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25...
github链接https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-T tmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR5187763不带后缀名sra 文件下...
使用fasterq-dump命令将sra格式数据转换为fastq格式遇到的问题 从NCBI下载了一些转录组数据,这里用到的下载工具是kingfisher ,github的链接是https://github.com/wwood/kingfisher-download 下载方法选的是aws-http 默认会将sra格式转换为fastq格式,使用到的工具是fasterq-dump这个工具,试了几次一直遇到报错,所以就将下载...
github链接 https://github.com/rvalieris/parallel-fastq-dump 需要把fastq-dump这个命令添加到环境变量 使用到的命令是 代码语言:javascript 复制 parallel-fastq-dump--threads12--outdir./--split-files-sSRR5187763.sra-Ttmp/ 如果sra文件已经下载好了,-s参数后指定的内容就是文件名,如果没有下载就指定SRR518...
我用一个9G大小的SRA文件,分别以fastq-dump和fasterq-dump进行了测试。 time fastq-dump --split-3 -OtestSRR5318040.sra# 558.76s user 41.36s system 101% cpu 9:51.82 totaltime fasterq-dump --split-3 ./SRR5318040 -e 20 -o SRR5318040# 582.70s user 121.06s system 1130% cpu 1:02.25 total ...