from Bio import SeqIO import csv # 输入FASTA文件路径 fasta_file_path = 'data.fasta' # 输出CSV文件路径 csv_file_path = 'output.csv' # 创建一个列表来存储数据行 data_rows = [] # 读取FASTA文件 for seq_record in SeqIO.parse(fasta_file_path, "fasta"): data_rows.append([seq_record.id...
一、fasta文件转换成CSV文件格式 options(stringsAsFactors = F) #排除因子干扰 library(data.table) library(readr) library(Biostrings) library(seqinr) library(stringr) #不管它是干什么的,一股脑全加载了 freadfasta<- fread("abc.fasta",header = F) #这里用fread读取fasta文件,无表头 #class(freadfasta) ...
CSV 文档格式 csv 中的第一行表示字段名,第二行表示字段值比如你要实现下列静态数据: [ { "x": "1月", "y": 2, "s": "蒸发量" }, { "x": "1月", "y": 2. 6570 0 1 sktj | 测试技术 iOS开发 MacOS Excel文件转成MD格式 常规用例,文件转换 Mac OS 版本请在命令行下直接使用exce...
今天有一个需求，就是要将gtf中的转录本转成fasta序列，一开始是想着用bedtools getfasta实现，awk取...
Fasta格式转CSV格式 #载入数据meta=[]sequence=[]seq=('ls_orchid.fasta')forseq_recordinSeqIO.parse(seq,"fasta"):meta.append(str(seq_record.id))sequence.append(str(seq_record.seq)) #print(sequence)df=pd.DataFrame(data={'Meta':meta,'SequenceID':sequence})print(df) ...