这段代码首先导入了必要的模块,然后定义了输入和输出文件的路径。接着,它遍历FASTA文件中的每条记录,提取每条记录的ID和序列,并将它们存储在一个列表中。最后,它使用csv模块将列表中的数据写入CSV文件,并保存更改。
一、fasta文件转换成CSV文件格式 options(stringsAsFactors = F) #排除因子干扰 library(data.table) library(readr) library(Biostrings) library(seqinr) library(stringr) #不管它是干什么的,一股脑全加载了 freadfasta<- fread("abc.fasta",header = F) #这里用fread读取fasta文件,无表头 #class(freadfasta) ...
就是要将gtf中的转录本转成fasta序列，一开始是想着用bedtools getfasta实现，awk取出来坐标做成bed文件...