fastqc -o ./ -t 1 /public/home/zyhu/hfd/${i}_R1_001.fastq.gz /public/home/zyhu/hfd/${i}_R2_001.fastq.gz#检测测序文件质量 multiqc ./#合并结果文件,公众号:科研部 6、Trimmomatic去除低质量的reads: java -jar \$EBROOTTRIMMOMATIC/trimmomatic...
首先使用fastqc得到网页版的质量报告,再使用trim_galore去除质量低的和接头序列,trim_galore可以指定接头序列也可以自主查询,还可以通过--length设定长度的阈值,小于该阈值的序列会被扔掉 fastqc -t 2 CER3_1_R1.fastq.gz CER3_1_R2.fastq.gz #双端测序,-t表示线程数 trim_galore -q 20 -o ./ --fastqc ...
--h1 /path/to/HiC/1_R1.fastq.gz --h2 /path/to/HiC/1_R2.fastq.gz \ /path/to/PacBio/test1.hifi_reads.fastq.gz \ /path/to/PacBio/test2.hifi_reads.fastq.gz \ /path/to/PacBio/test3.hifi_reads.fastq.gz 格式转换 用gfatools或者自己写个脚本把gfa格式的文件转换成fasta就得到最终的...
r2:/disk/public/test/data/ENCFF035OMK.fastq.gz heart_rep1: r1:/disk/public/test/data/ENCFF279LMU.fastq.gzr2:/disk/public/test/data/ENCFF820PVO.fastq.gz heart_rep2: r1:/disk/public/test/data/ENCFF823XXU.fastq.gzr2:/disk/public/test/data/ENCFF518FYP.fastq.gz...
(1)velveth的输入默认是fasta格式的序列文件,也能识别fastq、fasta.gz、fastq.gz、sam、bam、eland和gerald文件。序列类型默认是short,也可以是shortPaired、short2、shortPaired2、long或longPaired。 命令格式为: $ ./velveth output_directory hash_length [[-file_format][-read_type] filename] 例如: ...
使用fastq_pair进行修复 在这里使用 Trimmomatic 重新过滤后,能用SPAdes组装成功,没有出现上诉报错。 trimmomaticPEtest.R1.fastq.gztest.R2.fastq.gzoutput_forward_paired.fq.gz output_forward_unpaired.fq.gz output_reverse_paired.fq.gz output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:TruSeq3-PE.fa:2:30:10:...
从上述的图中,以Q30为阈值,可以看出,Forward(R1)的整体质量都还可以;Reverse(R2)的测序质量稍低,平均来看,大概也在200bp左右出现了下降。 设置过滤后文件保存的位置 此示例中,是在原来path保存的目录下面,建立一个“filtered”的文件夹,用来保存过滤后的序列文件,文件名按照sample_F_filt.fastq.gz的模式命名,其中...
ll|awk'{split($9,a," ");print a[1]}'|xargs-i mv{}{}.srafind./-name'*_2.fastq.gz*'|awk'{split($1,a,"./");print a[2]}'|awk'{split($1,a,"_");print a[1]}'|xargs-i mv{}_2.fastq.gz{}_S1_L001_R2_001.fastq.gz ...
hisat2 -p 10 -x /path/to/index/hisat/bdgp6/genome -1 ../path/to/fastq/sample.R1.clean.fastq.gz -2 ../path/to/fastq/sample.R2.clean.fastq.gz -S sample.hisat2.sam 1.4 sam2bam转换 samtools sort -@ 8 -o sample.bam sample.sam ...
R2=${SRR}_2.fastq TAG="@RG\tID:$SRR\tSM:$SRR\tLB:$SRR" bwa mem -R $TAG $REF $R1 $R2 | samtools sort > $BAM samtools index $BAM # 12M Aug 10 2018 SRR1553500.bam # 200 Aug 10 23:04 SRR1553500.bam.bai 第三步 召唤变异 ...