为了节省空间,又不影响下游使用,也一般用gzip压缩的格式。 单端测序每个文库只返回一个FASTQ文件,双端测序两个FASTQ文件,左端一般命名为_1或R1,右端命名为_2或R2。 假如样品名字为ehbio,双端测序三个重复。习惯命名为ehbio_1_1.fq.gz ehbio_1_2.fq.gz,ehbio_2_1.fq.gz ehbio_2_2.fq.gz,ehbio_3_1.f...
双端测序通常会产生两个FASTQ文件,分别对应正向(R1)和反向(R2)读取。确保你有这两个文件,例如sample_R1.fastq和sample_R2.fastq。 2. 安装并配置fastp软件 fastp是一个高效的FASTQ文件预处理工具,可以通过以下方式安装: 使用conda安装(推荐,因为可以管理依赖和版本): bash conda install -c bioconda fastp 从...
文件内容 首先,1-26个cycle就是测序得到了26个碱基,先是16个Barcode碱基,然后是10个UMI碱基;通常是R1文件 然后,27-34这8个cycle得到了8个碱基,就是i7的sample index;通常是I1文件 最后35-132个cycle得到了98个碱基,就是转录本reads(目前很多测序仪都是150bp了),通常是R2文件 也就是说R2 文件是真正的测序r...
fastp -i in.fq -o out.fq 2、双端测序: 其中-i选项的参数为正向reads的路径,-I选项的参数为反向reads的路径,-o和-O选项的参数则对应正向和反向reads的输出路径。 fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz 可以看到,fastp支持压缩/非压缩文件数据的处理。 ...
首先,1-26个cycle就是测序得到了26个碱基,先是16个Barcode碱基,然后是10个UMI碱基;通常是R1文件 然后,27-34这8个cycle得到了8个碱基,就是i7的sample index;通常是I1文件 最后35-132个cycle得到了98个碱基,就是转录本reads(目前很多测序仪都是150bp了),通常是R2文件 ...
R2: Read 2 比如说: 简单版本(一般看着就行): |-- test_sample1 | |-- test_sample1_S1_L001_I1_001.fastq.gz | |-- test_sample1_S1_L001_I2_001.fastq.gz | |-- test_sample1_S1_L001_R1_001.fastq.gz | |-- test_sample1_S1_L001_R2_001.fastq.gz 复杂版本: |-- HFLC5BBXX...
echo$i >>tail.name gzcat $i |tail-4 |grep'@'>>tail.name echo"">>tail.name done 普通的gzcat太慢了,需要按顺序读到文件的最后一行。 这里发现了一个神器,gztool,可以给gz文件构建索引,然后直接读取最后几行,非常厉害。 1 2 3 4 5
一般来说,10X技术的单细胞转录组每个样品最好是有3个fq文件,分别是I1,R1,R2,其中I1理论上也可以抛弃,但是呢,很多情况下,我们同一个样品会有多个R1,R2,因为测序的 时候的上机的安排: 就面临改名的问题。比如: 代码语言:javascript 代码运行次数:0
从这3个fq文件的大小就可以看得出来它们的格式,分别是I1,R1,和R2。 2 Cell Ranger流程 Cell Ranger是10X Genomics为单细胞分析专门打造的分析软件,直接对10X的下机数据进行基因组比对、定量、生成单细胞矩阵、聚类以及其他的分析等。 为了在下游分析中让Cell Ranger指定识别我们的fastq文件进行下游分析,使用官网推荐...
Usage: idemp -b code -I1 I1 -R1 R1 -R2 R2 -m n -o folder Options: code barcode file, each line contains barcode\tid I1 barcode fastq file, text or gzipped R1 read1 fastq file, text or gzipped R2 read2 fastq file, text or gzipped, optional n allowed base mismatches, optional...