rforge <- "http://r-forge.r-project.org"#开发中的包 if(!"estimate" %in% installed.packages()) install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE)#装不上的话应该是网络问题 # 加载estimate包 library(estimate) input.f <- "data/sample_input.txt" filterCommonGenes(input.f=input.f...
R estimate程辑包,程序包是对相关过程、函数、变量、游标和异常等对象的封装。程序包由规范(包头规范中可以声明程序包中公共对象。包括类型、变量、常量、异常、游标规范和子程序规范等。主体中可以声明程序包私有对象和实现在包规范中声明的子程序和游标。)和主体(包体)两
• R 脚本中都是可执行的 R 代码 + 注释,选中部分代码,点击Run 运行选中的代码。 •R项目是完成某个项目或任务的一系列文件的合集(文件夹),包括数据文件、若干 R 脚本及其他附件,其中包含一个 *.Rproj 文件 • 强烈建议使用R 项目 + 相对路径,这样能方便系统地管理服务于共同目的一系列的文件,可以方便...
1. ESTIMATE R包安装 library(utils)rforge<-"http://r-forge.r-project.org"install.packages("estimate",repos=rforge,dependencies=TRUE)library(estimate) 2. 计算免疫评分 这里以TCGA里面CHOL肿瘤为例,2022新版TCGA数据下载见:2022新版TCGA数据下载与整理,下载后的COUNT数据矩阵如下: image.png 行为基因,列为...
程序包使用 针对具有绑定参数的半参数模型,我们编写了SemiEstimate程序包对其进行估计,详细内容见 《Implicit Profiling Estimation for Semiparametric Models with Bundled Parameters》。该R软件包已经上传至CRAN官方服务器,配有完整的功能帮助...
在统计学中,我们通常利用样本数据去估计总体的参数,因为很少有机会直接观察到总体的数据。而estimate r包(estimatr package)是一个在R语言中用来进行经验Bayes估计的工具包,它可以帮助我们对总体参数进行估计,从而进行统计推断。在本文中,我们将介绍estimate r包得出的三种分数。 一、均值的估计 在统计学中,我们经常...
在estimate官网的主页上,实际上是给大家提供了安装estimate这个R包的代码的。 #安装estimate library(utils) rforge <- "http://r-forge.r-project.org" install.packages("estimate", repos=rforge, dependencies=TRUE) 安装好这个包之后,我们可以拿一直给大家举例的TCGA-CHOL这套数据给大家讲解一下这个包的使用...
在R语言中安装estimate包,你可以按照以下步骤进行操作: 打开R环境: 确保你已经安装了R和RStudio(可选,但推荐)。 在R控制台中输入安装命令: 由于estimate包不在CRAN上,你需要指定一个不同的仓库地址来安装它。通常,你可以使用R-Forge仓库。在R控制台中输入以下命令: R install.packages("estimate", repos="http...
estimate是一个在肿瘤组学研究中常用的R包,其主要功能是用于评估肿瘤组织中免疫细胞浸润的程度,并对免疫相关的信号通路进行分析。estimate基于基因表达数据进行计算,主要利用了免疫和肿瘤细胞特异的基因表达标记,并根据这些标记的表达水平估算组织中免疫和非免疫细胞的数量。最终,estimate会输出三个指标:ImmuneScore、Stromal...
在estimate r包中,MLE可以用于估计参数、方差和协方差矩阵。 加权最小二乘估计(WLSE):WLSE是一种优化方法,用于在给定数据集下最小化参数估计的加权平方和。与MLE不同,WLSE允许权重与参数之间存在非线性关系。 样本估计(SAMPLE):SAMPLE是estimate r包中的一种估计方法,用于根据样本数据计算参数的样本估计。它可以...