重新运行hclust函数,确保所有参数都是正确的,并且没有违反函数的限制条件: 在解决了上述问题后,重新运行 hclust 函数,并确保 method 参数的值是有效的(如 "complete", "average", "single", "ward.D", "ward.D2" 等)。 示例代码: R hclust_result <- hclust(d, method = "complete") 通过以上步骤...
Errorinhclust(d,method=method):NA/NaN/Infinforeignfunctioncall(arg11) 原因是数据中有标准差sd为0的行,做归一化时报错。pheatmap中做归一化采用的是scale方法: 因此如果要做scale,需要将这样的行去掉: test<-data[apply(data, 1,function(x) sd(x)!=0),]pheatmap(test,scale ="row") Ref: https://...
method = hclustfun)：NA/NaN/Inf in外部函数调用(arg 11)“EN读取数据常见错误： 在读取数据过程中...
直接取log绘制不报错,但做scale时报错: Error in hclust(d, method = method) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11) 1. 2. 原因是数据中有标准差sd为0的行,做归一化时报错。pheatmap中做归一化采用的是scale方法: 因此如果要做scale,需要将这样的行去掉: test <- data[apply...
NA/NaN/Inf in foreign function call (arg 11) Calls: pheatmap -> cluster_mat -> hclust Executi...
Hi Helena, I am having issues generating the cluster heat maps after performing flowSOM clustering. When I run plotClusterHeatmap(sce, hm2 = NULL, k = "meta20", m = NULL, scale = TRUE) it generates the error Error in hclust(d, method = "...
10在进行WGCNA时，为什么会有如下报错，要怎么解决呢?：Error in hclust(dist(datExpr0), method = "...
记录一个小bug: 使用pheatmap绘制热图时,使用scale参数总报错: image.png 只需要删除原始数据中标准差为0的行即可: top_de_exp<-top_de_exp[apply(top_de_exp,1,function(x){sd(x)!=0}),] 原因是scale对每行进行以下处理: image.png 其分母(每行的标准差)不能为0...
Errorinhclust(d,method=method):NA/NaN/Infinforeignfunctioncall(arg11) 原因是数据中有标准差sd为0的行,做归一化时报错。pheatmap中做归一化采用的是scale方法: image 因此如果要做scale,需要将这样的行去掉: test<-data[apply(data,1,function(x)sd(x)!=0),]pheatmap(test,scale="row")...
(sub.dissimilarity) class.results<-hclust(sub.dissimilarity, method = "ward.D") class.membership <- cutree(class.results, k = n.cat) # Now run through all grid cells, and allocate them to the class of the # most similar cell in the training set # takes 5 mins with 500 samples cell...